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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1k1o | ||||||
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タイトル | BOVINE TRYPSIN-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
![]() | TRYPSIN![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Stubbs, M.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Factorising ligand affinity: a combined thermodynamic and crystallographic study of trypsin and thrombin inhibition. 著者: Dullweber, F. / Stubbs, M.T. / Musil, D. / Sturzebecher, J. / Klebe, G. #1: ![]() タイトル: Structural and Functional Analyses of Benzamidine-Based Inhibitors in Complex with Trypsin: Implications for the Inhibition of Factor Xa, Tpa, and Urokinase 著者: Renatus, M. / Bode, W. / Huber, R. / Stuerzebecher, J. / Stubbs, M.T. #2: ![]() タイトル: Crystal Structures of Factor Xa Specific Inhibitors in Complex with Trypsin: Structural Grounds for Inhibition of Factor Xa and Selectivity Against Thrombin 著者: Stubbs, M.T. / Huber, R. / Bode, W. #3: ![]() タイトル: A Player of Many Parts: The Spotlight Falls on Thrombin'S Structure 著者: Stubbs, M.T. / Bode, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-IGN / {[(![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
構成要素の詳細 | THE 223 AMINO ACIDS OF BOVINE TRYPSIN ARE IDENTIFIED BY THE RESIDUE NUMBERS OF THE HOMOLOGOUS ...THE 223 AMINO ACIDS OF BOVINE TRYPSIN ARE IDENTIFIED |
非ポリマーの詳細 | HETATM IGN CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.3 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2→100 Å / Num. obs: 12832 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 88.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 50017 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]()
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 10 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / σ(F): 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.197 |