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万見
- PDB-1jzx: Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jzx
タイトルStructural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Center in Eubacteria
要素
  • (Ribosomal Protein ...) x 3
  • 23S rRNA
キーワードRIBOSOME / 50S / 23S / 5S / Antibiotics / Clindamycin / Peptidyl transferase center
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / : / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22p/L17e ...Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / : / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Zinc-binding ribosomal protein
類似検索 - ドメイン・相同性
CLINDAMYCIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL4
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schluenzen, F. / Zarivach, R. / Harms, J. / Bashan, A. / Tocilj, A. / Albrecht, R. / Yonath, A. / Franceschi, F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2001
タイトル: Structural basis for the interaction of antibiotics with the peptidyl transferase centre in eubacteria.
著者: Schlunzen, F. / Zarivach, R. / Harms, J. / Bashan, A. / Tocilj, A. / Albrecht, R. / Yonath, A. / Franceschi, F.
履歴
登録2001年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA
K: Ribosomal Protein L4
L: Ribosomal Protein L22
M: Ribosomal Protein L32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)978,1887
ポリマ－977,7144
非ポリマー4743
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.300, 410.100, 697.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: GenBank: 15805042

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Ribosomal Protein ... , 3種, 3分子 KLM

#2: タンパク質 Ribosomal Protein L4 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22308.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXK1
#3: タンパク質 Ribosomal Protein L22 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15190.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: Q9RXJ7
#4: タンパク質 Ribosomal Protein L32 / 50S ribosomal protein L32 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 6810.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) / 参照: UniProt: P49228

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-CLY / CLINDAMYCIN / クリンダマイシン


分子量: 424.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H33ClN2O5S / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: ethanol, dimethylhexanediol,MgCl2, KCl, Hepes, NH4Cl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ethanol11
2dimethylhexanediol11
3MgCl211
4KCl11
5Hepes11
6NH4Cl11
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mM1reservoirMgCl2
260 mM1reservoirNH4Cl
35 mM1reservoirKCl
410 mMHEPES1reservoir
51
61

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月1日
放射モノクロメーター: Si111 or Si311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→35 Å / Num. all: 400661 / Num. obs: 400661 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / % possible all: 82.2
反射
*PLUS
最低解像度: 35 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.118
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.2 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.1→35 Å / σ(F): 0
詳細: The coordinates of four chains of the 50s subunit and clindamycin were deposited. The number of non-hydrogen atoms used in refinement is more than specified in REMARK 3: 26069 protein atoms, ...詳細: The coordinates of four chains of the 50s subunit and clindamycin were deposited. The number of non-hydrogen atoms used in refinement is more than specified in REMARK 3: 26069 protein atoms, 62115 nucleic acid atoms, and 103 heterogen atoms were used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 20033 5 %Random
Rwork0.268 ---
all0.273 400661 --
obs0.273 400661 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数385 59532 29 0 59946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.77
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS/REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 35 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.268
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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