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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jsr | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ERWINIA CHRYSANTHEMI L-ASPARAGINASE COMPLEXED WITH 6-HYDROXY-L-NORLEUCINE | ||||||
![]() | L-asparaginase | ||||||
![]() | HYDROLASE / ASPARAGINASE / COVALENT COMPLEX / 6-DIAZO-5-OXO-L-NORLEUCINE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Aghaiypour, K. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Do bacterial L-asparaginases utilize a catalytic triad Thr-Tyr-Glu? 著者: Aghaiypour, K. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J. #1: ![]() タイトル: Structural Basis for the Activity and Substrate Specificity of Erwinia chrysanthemi L-Asparaginase 著者: Aghaiypour, K. / Wlodawer, A. / Lubkowski, J. #2: ![]() タイトル: A Left-Handed Crossover Involved in Amidohydrolase Catalysis. Crystal Structure of Erwinia Chrysanthemi L-Asparaginase with Bound L-Aspartate 著者: Miller, M. / Rao, J.K. / Wlodawer, A. / Gribskov, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 226.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Biologically relevant tetramer is present in the asymmetric unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35123.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-LDO / #3: 化合物 | ChemComp-1PE / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | 6-DIAZO-5-OXO-L-NORLEUCINE REACTS WITH THE ENZYME TO FORM A COVALENT COMPLEX BETWEEN THE ENZYME AND ...6-DIAZO-5-OXO-L-NORLEUCINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.36 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: ammonium sulfate, PEG 400, TRIS buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 詳細: Miller, M., (1993) FEBS Lett., 328, 275. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年8月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 144902 / Num. obs: 135872 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.38 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 8771 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 91.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 323188 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 開始モデル: PDB CODE 1HG0 解像度: 1.7→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.71 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 2 % / Rfactor all: 0.19 / Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rfree: 0.21 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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