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- PDB-1jr0: CHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0011 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jr0
タイトルCHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0011
要素cholera toxin B subunit
キーワードTOXIN / ENTEROTOXIN / RECEPTOR / B-PENTAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A24 / Cholera enterotoxin subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002
タイトル: Anchor-based design of improved cholera toxin and E. coli heat-labile enterotoxin receptor binding antagonists that display multiple binding modes.
著者: Pickens, J.C. / Merritt, E.A. / Ahn, M. / Verlinde, C.L. / Hol, W.G. / Fan, E.
履歴
登録2001年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: cholera toxin B subunit
E: cholera toxin B subunit
F: cholera toxin B subunit
G: cholera toxin B subunit
H: cholera toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,40310
ポリマ－58,1165
非ポリマー2,2875
水12,520695
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
D: cholera toxin B subunit
E: cholera toxin B subunit
F: cholera toxin B subunit
G: cholera toxin B subunit
H: cholera toxin B subunit
ヘテロ分子

D: cholera toxin B subunit
E: cholera toxin B subunit
F: cholera toxin B subunit
G: cholera toxin B subunit
H: cholera toxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,80720
ポリマ－116,23310
非ポリマー4,57410
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area33320 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area38200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.098, 66.064, 78.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
cholera toxin B subunit


分子量: 11623.267 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: ctxb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01556
#2: 化合物
ChemComp-A24 / (3-NITRO-5-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHYLAMINOCARBONYL)PHENYL)-GALACTOPYRANOSIDE / BMSC-0011


分子量: 457.432 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27N3O10
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3000, NaCl, MgCl2, Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
16.0 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH7.4
3200 mM1dropNaCl
43 mM1dropNaN3
51 mMEDTA1drop
650 mM1reservoirNaCl
7100 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
830 %PEG30001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→22 Å / Num. obs: 110275 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.3→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4097 / % possible all: 40
反射
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 40 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
SHELX位相決定
精密化開始モデル: 3CHB

3chb


解像度: 1.3→22 Å / Num. parameters: 44038 / Num. restraintsaints: 52704 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1834 5513 5 %RANDOM
obs0.1307 -100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 12 / Occupancy sum hydrogen: 4085 / Occupancy sum non hydrogen: 4925
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 160 695 4925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0366
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.067
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.054
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.083
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 104753 / Rfactor Rwork: 0.1307
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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