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- PDB-1jgt: CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-LACTAM SYNTHETASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jgt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BETA-LACTAM SYNTHETASE
要素BETA-LACTAM SYNTHETASE
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAM SYNTHETASE / ASPARAGINE SYNTHETASE / CLAVULANIC ACID / AMPCPP / CEA / CARBOXYETHYLARGININE
機能・相同性
機能・相同性情報


(carboxyethyl)arginine beta-lactam-synthase / (carboxyethyl)arginine beta-lactam-synthase activity / asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / asparagine biosynthetic process / clavulanic acid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamine amidotransferase domain / Asparagine synthase / Asparagine synthase / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / HUPs / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / 4-Layer Sandwich ...Glutamine amidotransferase domain / Asparagine synthase / Asparagine synthase / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / HUPs / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / N2-(CARBOXYETHYL)-L-ARGININE / Carboxyethyl-arginine beta-lactam-synthase / Carboxyethyl-arginine beta-lactam-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Miller, M.T. / Bachmann, B.O. / Townsend, C.A. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of beta-lactam synthetase reveals how to synthesize antibiotics instead of asparagine.
著者: Miller, M.T. / Bachmann, B.O. / Townsend, C.A. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2001年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAM SYNTHETASE
B: BETA-LACTAM SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,21513
ポリマ－109,2032
非ポリマー2,01211
水11,205622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area36740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.352, 97.873, 80.969
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-LACTAM SYNTHETASE


分子量: 54601.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
遺伝子: 1901 / プラスミド: pET24a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9R8E3, UniProt: P0DJQ7*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 633分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-CMA / N2-(CARBOXYETHYL)-L-ARGININE / Nα-(2-カルボキシエチル)-L-アルギニン


分子量: 246.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18N4O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: POLYETHYLENEGLYCOL 4000, GLYCEROL, TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 詳細: Miller, M.T., (2001) Nature Struct. Biol., 8, 684.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mMTris1droppH7.5
37 %(w/v)PEG40001reservoir
4200 mM1reservoirMgCl2
57 %(v/v)glycerol1reservoir
680 mMTris1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→19.97 Å / Num. all: 69641 / Num. obs: 68300 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Limit h max: 31 / Limit h min: -31 / Limit k max: 50 / Limit k min: -31 / Limit l max: 41 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 569036.55 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % possible obs: 98.3 % / Num. measured all: 465261 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 % / Rmerge(I) obs: 0.231

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 5838 8.8 %RANDOM
Rwork0.195 ---
all0.228 69641 --
obs0.194 66146 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 55.1407 Å2 / ksol: 0.386944 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 77.68 Å2 / Biso mean: 30.4 Å2 / Biso min: 11.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.39 Å20 Å2-0.27 Å2
2--11.08 Å20 Å2
3----4.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.22 Å
Luzzati d res high-1.95
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7439 0 128 622 8189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.8
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.95-2.040.25461470.25370750.018717768988.2
2.04-2.150.2456497.50.24273770.018695802692.3
2.15-2.280.2236447.40.2274850.0098666812993.8
2.28-2.460.2087538.60.20775320.0088713828595.1
2.46-2.70.277990.20175920.0078693837196.3
2.7-3.090.1968279.50.19676540.0078685848197.7
3.09-3.890.1778109.30.17577510.0068716856198.2
3.89-19.890.1767628.60.17778420.0068834860497.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5bls_new5.parambls_new4.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.254 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rwork: 0.253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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