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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jdf | ||||||
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タイトル | Glucarate Dehydratase from E.coli N341D mutant | ||||||
要素 | Glucarate Dehydratase | ||||||
キーワード | LYASE / TIM Barrel / alpha/beta barrel / Enolase Superfamily | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: identification of the general acid catalyst in the active site of D-glucarate dehydratase from Escherichia coli. 著者: Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Enzymatic Activities in the Enolase Superfamily: Crystallographic and Mutagenesis Studies of the Reaction Catalyzed by D-Glucarate Dehydratase from Escherichia Coli 著者: Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1jdf.cif.gz | 367.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1jdf.ent.gz | 295.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1jdf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1jdf_validation.pdf.gz | 486.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1jdf_full_validation.pdf.gz | 506.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1jdf_validation.xml.gz | 74.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1jdf_validation.cif.gz | 105.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/1jdf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/1jdf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49197.840 Da / 分子数: 4 / 変異: N341D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 参照: UniProt: P76637, UniProt: P0AES2*PLUS, glucarate dehydratase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GLR / #4: 化合物 | ChemComp-IPA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: 14 % MePEG 5000, 50 mM MgCl2, 5 % 2-propanol, 50 mM HEPPS, pH 8.0, microbatch, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis / 詳細: used macroseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 136857 / Num. obs: 132888 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / % possible all: 93.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 505535 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1EC8 解像度: 2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 21.8 Å2 | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.333 / Rfactor Rwork: 0.306 |