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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ind | |||||||||
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タイトル | HOW THE ANTI-(METAL CHELATE) ANTIBODY CHA255 IS SPECIFIC FOR THE METAL ION OF ITS ANTIGEN: X-RAY STRUCTURES FOR TWO FAB'(SLASH)HAPTEN COMPLEXES WITH DIFFERENT METALS IN THE CHELATE | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-EOT / INDIUM (III) ION / : / : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Love, R.A. / Butler, W.F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: How the anti-(metal chelate) antibody CHA255 is specific for the metal ion of its antigen: X-ray structures for two Fab'/hapten complexes with different metals in the chelate. 著者: Love, R.A. / Villafranca, J.E. / Aust, R.M. / Nakamura, K.K. / Jue, R.A. / Major Jr., J.G. / Radhakrishnan, R. / Butler, W.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ind.cif.gz | 99.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ind.ent.gz | 73.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ind.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ind_validation.pdf.gz | 461.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ind_full_validation.pdf.gz | 484.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ind_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ind_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/1ind ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/1ind | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO L 144, PRO H 147, PRO H 149, AND PRO H 189 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23201.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 387376 |
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#2: 抗体 | 分子量: 24011.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: PIR: S38864 |
#3: 化合物 | ChemComp-IN / |
#4: 化合物 | ChemComp-EOT / [( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 22000 / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.094 |
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反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→7 Å / Rfactor Rwork: 0.188 / Rfactor obs: 0.188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR/TNT/PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 14800 / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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