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- PDB-1iay: CRYSTAL STRUCTURE OF ACC SYNTHASE COMPLEXED WITH COFACTOR PLP AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iay
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ACC SYNTHASE COMPLEXED WITH COFACTOR PLP AND INHIBITOR AVG
要素1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE 2
キーワードLYASE / protein-cofactor-inhibitor complex / V6-dependent enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase / fruit ripening / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase activity / ethylene biosynthetic process / amino acid metabolic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-4-(2-AMINO-ETHOXY)-BUTYRIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Huai, Q. / Xia, Y. / Chen, Y. / Callahan, B. / Li, N. / Ke, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) synthase in complex with aminoethoxyvinylglycine and pyridoxal-5'-phosphate provide new insight into catalytic mechanisms
著者: Huai, Q. / Xia, Y. / Chen, Y. / Callahan, B. / Li, N. / Ke, H.
履歴
登録2001年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7033
ポリマ－48,2941
非ポリマー4092
水82946
1
A: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE 2
ヘテロ分子

A: 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4076
ポリマ－96,5882
非ポリマー8194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area7730 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area32460 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.1, 123.1, 106.8
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 1-AMINOCYCLOPROPANE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE 2 / ACC SYNTHASE 2


分子量: 48294.113 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 11-438 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / プラスミド: PET11D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P18485, 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-AVG / 2-AMINO-4-(2-AMINO-ETHOXY)-BUTYRIC ACID / (S)-2-アミノ-4-(2-アミノエトキシ)酪酸


分子量: 162.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Na citrate, 18% PEG3350, 50 mM MgCl2, 10% glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.1 Msodium citrate1reservoir
218 %PEG33501reservoir
350 mM1reservoirMgCl2
410 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 13199 / Num. obs: 13199 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.7→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.445 / % possible all: 76.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 62671
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 1274 random
Rwork0.215 --
all0.215 12258 -
obs0.215 12258 -
原子変位パラメータBiso mean: 30.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3322 0 26 46 3394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0072
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.29
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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