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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ia2 | ||||||
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タイトル | Candida albicans dihydrofolate reductase complexed with dihydro-nicotinamide-adenine-dinucleotide phosphate (NADPH) and 5-[(4-METHYLPHENYL)SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE (GW578) | ||||||
要素 | DIHYDROFOLATE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ANTIFUNGAL TARGET / REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / DIRECT REPLACEMENT / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Whitlow, M. / Howard, A.J. / Kuyper, L.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2001 タイトル: X-ray Crystal Structures of Candida albicans Dihydrofolate Reductase: High Resolution Ternary Complexes in Which the Dihydronicotinamide Moiety of NADPH is Displaced by an inhibitor 著者: Whitlow, M. / Howard, A.J. / Stewart, D. / Hardman, K.D. / Chan, J.H. / Baccanari, D.P. / Tansik, R.L. / Hong, J.S. / Kuyper, L.F. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: X-ray Crystallographic Studies of Candida albicans Dihydrofolate Reductase. High resolution structures of the holoenzyme and an inhibited ternary complex. 著者: Whitlow, M. / Howard, A.J. / Stewart, D. / Hardman, K.D. / Kuyper, L.F. / Baccanari, D.P. / Fling, M.E. / Tansik, R.L. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1995 タイトル: Selective Inhibitors of Candida albicans Dihydrofolate Reductase: Activity and Selectivity of 5-(arylthio)-2,4-diaminoquinazolines 著者: Chan, J.H. / Hong, J.S. / Kuyper, L.F. / Baccanari, D.P. / Joyner, S.S. / Tansik, R.L. / Boytos, C.M. / Rudolph, S.K. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989 タイトル: Characterization of Candida Albicans Dihydrofolate Reductase 著者: Baccanari, D.P. / Tansik, R.L. / Joyner, S.S. / Fling, M.E. / Smith, P.L. / Freisheim, J.H. | ||||||
履歴 |
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Remark 99 | HET GROUPS NDP 193, TQ4 194, AND MES 201 ARE ASSOCIATED WITH PROTEIN CHAIN A. HET GROUPS NDP 195, ...HET GROUPS NDP 193, TQ4 194, AND MES 201 ARE ASSOCIATED WITH PROTEIN CHAIN A. HET GROUPS NDP 195, TQ4 196, AND MES 202 ARE ASSOCIATED WITH PROTEIN CHAIN B. | ||||||
Remark 600 | HETEROGEN THE INHIBITION CONSTANT (IC50) FOR 5-[(4-METHYLPHENYL) SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE ... HETEROGEN THE INHIBITION CONSTANT (IC50) FOR 5-[(4-METHYLPHENYL) SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE (GW578) IS 23 NANOMOLAR USING THE FOLLOWING ASSAY (SEE REFERENCE 0 & 3). C. ALBICANS DHFR ASSAY WAS PERFORMED IN 0.1 M IMIDAZOLE CHLORIDE BUFFER, PH 6.4, WITH 12 MM MERCAPTOETHANOL, 60 MM NADPH AND 45 MM DIHYDROFOLIC ACID IN A FINAL VOLUME OF 1 ML AT 303K. IC50 IS THE CONCENTRATION OF INHIBITOR THAT DECREASES THE VELOCITY OF THE STANDARD ASSAY BY 50%. THE ENZYME (0.2 NM), NADPH, AND VARYING CONCENTRATIONS OF INHIBITOR WERE PREINCUBATED FOR 2 MIN AT 30-C, AND THE REACTION WAS INITIATED BY THE ADDITION OF DIHYDROFOLIC ACID. STEADY STATE VELOCITIES WERE MEASURED, AND IC50 VALUES WERE CALCULATED FROM A LINEAR REGRESSION PLOT OF THE PERCENTAGE INHIBITION VS THE LOGARITHM OF THE INHIBITOR CONCENTRATION. IC50 THE PRECISION OF THE DETERMINATION IS GENERALLY ABOUT A 30%. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ia2.cif.gz | 107.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ia2.ent.gz | 81.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ia2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ia2_validation.pdf.gz | 649 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ia2_full_validation.pdf.gz | 673 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ia2_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ia2_validation.cif.gz | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/1ia2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/1ia2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | Candida DHFR is active as a monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22194.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: DFR1 / プラスミド: P1869 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22906, dihydrofolate reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE- DINUCLEOTIDE PHOSPHATE (NADPH), 5-[(4-METHYLPHENYL) SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE (GW578), PEG-3350, POTASSIUM 4-MORPHILINEETHANESULFONIC ACID (MES), ...詳細: DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE- DINUCLEOTIDE PHOSPHATE (NADPH), 5-[(4-METHYLPHENYL) SULFANYL]-2,4-QUINAZOLINEDIAMINE (GW578), PEG-3350, POTASSIUM 4-MORPHILINEETHANESULFONIC ACID (MES), DITHIOTHREITOL (DTT). A THREE-FOLD EXCESS OF GW578 AND THREE-FOLD EXCESS OF NADPH WAS ADDED TO THE C. ALBICANS DHFR SOLUTION AND LET STAND 277K OVERNIGHT. 17-20 MG/ML C. ALBICANS DHFR IN 50 UM GW578, 50 UM NADPH, 20 MM KMES, 1 MM DTT, PH 6.5 WAS MIXED WITH AN EQUAL PART OF 26 - 34% PEG-3350, THE RESERVOIR SOLUTION. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1989年2月22日 / 詳細: MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: Huber graphite monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.76 Å / Num. all: 137080 / Num. obs: 35749 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.83 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0761 / Rsym value: 0.0761 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.87 Å / 冗長度: 2.17 % / Rmerge(I) obs: 0.2983 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique all: 4426 / Rsym value: 0.2983 / % possible all: 69.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 69.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT REPLACEMENT 開始モデル: CANDIDA ALBICANS DHFR (PDB ENTRY 1AI9) 解像度: 1.82→10 Å Isotropic thermal model: Konnert, J.H. & Hendrickson, W.A. (1980) Acta Crystallogr. A A36, 344. σ(F): 2 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: Hendrickson, W.A. (1985) Methods Enzymol. 115, 252-270. 詳細: Restrain least-squares procedure.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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