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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i6l | ||||||
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タイトル | 1.7 HIGH RESOLUTION EXPERIMENTAL PHASES FOR TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRYPTOPHANYL-5'AMP | ||||||
![]() | TRYPTOPHANYL- ... | ||||||
![]() | LIGASE / CLASS I TRNA SYNTHETASE / AARS / INDUCED FIT / TRPRS | ||||||
機能・相同性 | ![]() tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Retailleau, P. / Carter, C.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution experimental phases for tryptophanyl-tRNA synthetase (TrpRS) complexed with tryptophanyl-5'AMP. 著者: Retailleau, P. / Yin, Y. / Hu, M. / Roach, J. / Bricogne, G. / Vonrhein, C. / Roversi, P. / Blanc, E. / Sweet, R.M. / Carter, C.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 781.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 792.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-TRYPTOPHANYL- ... , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37694.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00953, tryptophan-tRNA ligase |
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-非ポリマー , 5種, 366分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/TYM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/TYM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NH4 / | #4: 化合物 | ChemComp-TYM / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: microdialysis / pH: 7.6 詳細: POTASSIUM PHOSPHATE, AMMONIUM SULFATE, MAGNESIUM SULFATE, pH 7.60, MICRODIALYSIS, temperature 310K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.6 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 51522 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 10.3 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.8 Å / Rsym value: 0.571 / % possible all: 68.8 |
反射 | *PLUS 冗長度: 5.15 % / Num. measured all: 1045314 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68.8 % / Rmerge(I) obs: 0.571 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: BUSTER/TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 31909 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.209 / Rfactor obs: 0.2 / σ(I): 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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