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- PDB-1i5r: TYPE 1 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE EM1745 COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i5r
タイトルTYPE 1 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE EM1745 COMPLEX
要素TYPE 1 17 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / 17BETA-HYDROXYSTEROID / HYBRID / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / cellular response to metal ion / estrogen biosynthetic process / estradiol binding / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / cellular response to metal ion / estrogen biosynthetic process / estradiol binding / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / NADP+ binding / estrogen metabolic process / lysosome organization / small molecule binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
17beta-dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HYC / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Qiu, W. / Campbell, R.L. / Boivin, P. / Poirier, D. / Lin, S.-X.
引用ジャーナル: FASEB J. / 年: 2002
タイトル: A concerted, rational design of type 1 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase inhibitors: estradiol-adenosine hybrids with high affinity
著者: Qiu, W. / Campbell, R.L. / Gangloff, A. / Dupuis, P. / Boivin, R.P. / Tremblay, M.R. / Poirier, D. / Lin, S.X.
履歴
登録2001年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE 1 17 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8425
ポリマ－34,8881
非ポリマー9544
水4,161231
1
A: TYPE 1 17 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: TYPE 1 17 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,68410
ポリマ－69,7762
非ポリマー1,9088
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area9240 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area20390 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)119.272, 42.706, 58.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TYPE 1 17 BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE / ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 1 / PLACENTAL 17-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE


分子量: 34887.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-HYC / O5'-[9-(3,17B-DIHYDROXY-1,3,5(10)-ESTRATRIEN-16B-YL)-NONANOYL]ADENOSINE / EM-1745 / 5′-O-[9-[3,17β-ジヒドロキシエストラ-1(10),2,4-トリエン-16β-イル]ノナノイル]アデノシン


分子量: 677.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H51N5O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.85 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3500, GLYCEROL, SODIUM CHLORIDE, BETA-OCTYL GLUCOSIDE, DITHIOTHREITOL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.06 %beta-octylglucoside1drop
216 mg/mlprotein1drop
330 %PEG33501reservoir
4160 mM1reservoirMgCl2
5100 mMTris-HCl1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月6日 / 詳細: parabolic collimating mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 155176 / Num. obs: 38831 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 3327 / % possible all: 86.2
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 155176
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 86.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1BHS

1bhs


解像度: 1.6→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 1847 -RANDOM
Rwork0.185 ---
all-38767 --
obs-36941 95.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2181 0 67 231 2479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.209
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.465
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
1.6-1.6770.2442230.199X-RAY DIFFRACTION4263
1.677-1.7620.2222210.182X-RAY DIFFRACTION4198
1.762-1.8560.1991940.177X-RAY DIFFRACTION3882
1.856-1.9610.211650.169X-RAY DIFFRACTION3480
1.961-2.0780.1981770.17X-RAY DIFFRACTION3080
2.078-2.210.1981570.168X-RAY DIFFRACTION2771
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg20.1
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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