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- PDB-1hp5: STREPTOMYCES PLICATUS BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE COMPLEXED WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hp5
タイトルSTREPTOMYCES PLICATUS BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE COMPLEXED WITH INTERMEDIATE ANALOUGE NAG-THIAZOLINE
要素BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase / streptomyces plicatus / hexosaminidase / family 20 / substrate assisted catalysis / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / ganglioside catabolic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / lysosome / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NGT / beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces plicatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mark, B.L.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystallographic evidence for substrate-assisted catalysis in a bacterial beta-hexosaminidase.
著者: Mark, B.L. / Vocadlo, D.J. / Knapp, S. / Triggs-Raine, B.L. / Withers, S.G. / James, M.N.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Structural and Functional Characterization of Streptomyces plicatus Beta-N-acetylhexosaminidase by Comparative Molecular Modeling and Site-directed Mutagenesis
著者: Mark, B.L. / Wasney, G.A. / Salo, T.J. / Khan, A.R. / Cao, Z. / Robbins, P.W. / James, M.N. / Triggs-Raine, B.L.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1996
タイトル: NAG-thiazoline, An N-acetyl-betahexosaminidase inhibitor that implicates acetamido participation
著者: Knapp, S. / Vocadlo, D. / Gao, Z. / Kirk, B. / Lou, J. / Withers, S.G.
#3: ジャーナル: Gene / 年: 1992
タイトル: Cloning and high-level expression of a chitinase-encoding gene of Streptomyces plicatus
著者: Robbins, P.W. / Overbye, K. / Albright, C. / Benfield, B. / Pero, J.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Cloning and expression of a Streptomyces plicatus chitinase (chitinase-63) in Escherichia coli
著者: Robbins, P.W. / Albright, C. / Benfield, B.
履歴
登録2000年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02023年8月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7338
ポリマ－56,1271
非ポリマー6067
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
ヘテロ分子

A: BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,46516
ポリマ－112,2542
非ポリマー1,21214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area5620 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area32590 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)133.621, 133.621, 174.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE


分子量: 56126.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces plicatus (バクテリア)
プラスミド: PET3A(P3AHEX-1.8) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O85361, beta-N-acetylhexosaminidase

-
非ポリマー , 5種, 277分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NGT / 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL / NAG-チアゾリン


分子量: 219.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13NO4S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Ammonium sulfate, tri-sodium citrate, glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
22.2 Mammonium sulfate1reservoir
3100 mMtrisodium citrate1reservoirpH6.0
420-25 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月17日
詳細: Flat collimating mirror; double crystal Si(111) monochromator; toroid mirror (vertical and horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Flat collimating mirror; double crystal Si(111) monochromator; toroid mirror (vertical and horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 54042 / Num. obs: 52210 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 6.64 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 92
反射
*PLUS
Num. measured all: 361546
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: Difference Fourier
開始モデル: 1HP4

1hp4


解像度: 2.1→43.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3178566.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 5254 10.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.197 54042 --
obs0.197 52210 96.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.71 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.75 Å23.71 Å20 Å2
2--3.75 Å20 Å2
3----7.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.83 Å
タンパク質核酸