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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hdu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with aminocarbonylphenylalanine at 1.75 A | ||||||
要素 | CARBOXYPEPTIDASE A | ||||||
キーワード | CARBOXYPEPTIDASE / CPA / LBHB / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxypeptidase A / leukotriene metabolic process / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOS BOVIS (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, J.H. / Ha, N.-C. / Chung, S.J. / Kim, D.H. / Choi, K.Y. / Oh, B.-H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2002 タイトル: Insight Into the Stereochemistry in the Inhibition of Carboxypeptidase a with N-(Hydroxyaminocarbonyl)Phenylalanine: Binding Modes of an Enantiomeric Pair of the Inhibitor to Carboxypeptidase A 著者: Cho, J.H. / Kim, D.H. / Chung, S.J. / Ha, N.-C. / Oh, B.-H. / Choi, K.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hdu.cif.gz | 251.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hdu.ent.gz | 213 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hdu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hdu_validation.pdf.gz | 411.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hdu_full_validation.pdf.gz | 438.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hdu_validation.xml.gz | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hdu_validation.cif.gz | 43.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/1hdu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/1hdu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: MONOMER |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34442.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS BOVIS (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00730, carboxypeptidase A #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-ING / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | PEPTIDYL-L-AMINO ACID + H(2)O = PEPTIDE + L-AMINO ACID THE ZYMOGEN IS SECRETED AS A TERNARY COMPLEX ...PEPTIDYL-L-AMINO ACID + H(2)O = PEPTIDE + L-AMINO ACID THE ZYMOGEN IS SECRETED AS A TERNARY COMPLEX COMPOSED OF PROCARBOXY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 89359 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 15 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / % possible obs: 77.4 % / Rmerge(I) obs: 0.149 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / Rfactor obs: 0.187 / Rfactor Rfree: 0.219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.235 |