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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gt8 | |||||||||
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タイトル | DIHYDROPYRIMIDINE DEHYDROGENASE (DPD) FROM PIG, TERNARY COMPLEX WITH NADPH AND URACIL-4-ACETIC ACID | |||||||||
要素 | DIHYDROPYRIMIDINE DEHYDROGENASE | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ELECTRON TRANSFER / FLAVIN / IRON-SULFUR CLUSTERS / PYRIMIDINE CATABOLISM / 5-FLUOROURACIL DEGRADATION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding ...dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | SUS SCROFA (ブタ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Dobritzsch, D. / Ricagno, S. / Schneider, G. / Schnackerz, K.D. / Lindqvist, Y. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of the productive ternary complex of dihydropyrimidine dehydrogenase with NADPH and 5-iodouracil. Implications for mechanism of inhibition and electron transfer. 著者: Dobritzsch, D. / Ricagno, S. / Schneider, G. / Schnackerz, K.D. / Lindqvist, Y. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Study of Pig Liver Dihydropyrimidine Dehydrogenase 著者: Dobritzsch, D. / Persson, K. / Schneider, G. / Lindqvist, Y. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF", "BF", "CF" AND "DF" IN EACH CHAIN ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AF", "BF", "CF" AND "DF" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL, THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gt8.cif.gz | 792.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gt8.ent.gz | 645.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gt8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/1gt8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 111603.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SUS SCROFA (ブタ) / 器官: LIVER / プラスミド: PSE420 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) 参照: UniProt: Q28943, dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) |
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-非ポリマー , 5種, 32分子
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / #3: 化合物 | ChemComp-FMN / #4: 化合物 | ChemComp-FAD / #5: 化合物 | ChemComp-NDP / #6: 化合物 | ChemComp-UAA / |
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-詳細
構成要素の詳細 | INVOLVED IN THE CATABOLISM OF URACIL AND THYMIDINE LEADING TO THE FORMATION OF BETA-ALANINE. ...INVOLVED IN THE CATABOLISM |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 100 MM SODIUM CITRATE PH 4.7, 16-20% POLYETHYLENE GLYCOL 6000, 1 MM DTT | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 4.7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Dobritzsch, D., (2001) Acta Crystallogr., 57, 153. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 62722 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.098 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.3 Å / % possible obs: 92.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: DIHYDROPYRIMIDINE DEHYDROGENASE, TERNARY COMPLEX WITH 5-IODOURACIL AND NADPH, PH 7.5 解像度: 3.3→29.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2857472 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE 6-8 C-TERMINAL RESIDUES AND A FEW LOOP-RESIDUES WERE NOT SEEN IN THE DENSITY DUE TO DISORDER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.230877 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.75 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms dev Biso : 2 Å2 / Rms dev position: 0.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.273 / Rfactor Rwork: 0.217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.294 |