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- PDB-1gsz: Crystal Structure of a Squalene Cyclase in Complex with the Poten... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gsz
タイトルCrystal Structure of a Squalene Cyclase in Complex with the Potential Anticholesteremic Drug Ro48-8071
要素SQUALENE--HOPENE CYCLASE
キーワードISOMERASE / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / INHIBITOR OXIDOSQUALENE CYCLASE / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


squalene-hopanol cyclase / squalene-hopene cyclase / squalene-hopene cyclase activity / triterpenoid biosynthetic process / lipid droplet / lyase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Squalene hopene cyclase / Terpene synthase, conserved site / Terpene synthases signature. / Squalene cyclase, N-terminal / Squalene-hopene cyclase N-terminal domain / Squalene cyclase / Squalene cyclase, C-terminal / Squalene-hopene cyclase C-terminal domain / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 ...Squalene hopene cyclase / Terpene synthase, conserved site / Terpene synthases signature. / Squalene cyclase, N-terminal / Squalene-hopene cyclase N-terminal domain / Squalene cyclase / Squalene cyclase, C-terminal / Squalene-hopene cyclase C-terminal domain / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R71 / Squalene--hopene cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS (バクテリア)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Lenhart, A. / Weihofen, W.A. / Pleschke, A.E.W. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of a Squalene Cyclase in Complex with the Potential Anticholesteremic Drug Ro48-8071
著者: Lenhart, A. / Weihofen, W.A. / Pleschke, A.E.W. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The Structure of the Membrane Protein Squalene-Hopene Cyclase at 2.0 A Resolution
著者: Wendt, K.U. / Lenhart, A. / Schulz, G.E.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Structure and Function of a Squalene Cyclase
著者: Wendt, K.U. / Poralla, K. / Schulz, G.E.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of Squalene-Hopene Cyclase from Alicyclobacillus Acidocaldarius
著者: Wendt, K.U. / Feil, C. / Lenhart, A. / Poralla, K. / Schulz, G.E.
#4: ジャーナル: J.Lipid Res. / 年: 1997
タイトル: Ro48-8071, a New 2,3-Oxidosqualene:Lanosterol Cyclase Inhibitor Lowering Plasma Cholesterol in Hamsters, Squirrel Monkeys, and Minipigs: Comparison to Simvastatin
著者: Morand, O.H. / Aebi, J.D. / Dehmlow, H. / Ji, Y.H. / Gains, N. / Lengsfeld, H. / Himber, J.
履歴
登録2002年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SQUALENE--HOPENE CYCLASE
B: SQUALENE--HOPENE CYCLASE
C: SQUALENE--HOPENE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,2159
ポリマ－214,9503
非ポリマー2,2646
水4,594255
1
A: SQUALENE--HOPENE CYCLASE
ヘテロ分子

B: SQUALENE--HOPENE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8106
ポリマ－143,3002
非ポリマー1,5104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-x+y+1,-z+2/31
手法PQS
2
B: SQUALENE--HOPENE CYCLASE
ヘテロ分子

A: SQUALENE--HOPENE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8106
ポリマ－143,3002
非ポリマー1,5104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_655-x+1,-x+y,-z+2/31
手法PQS
3
C: SQUALENE--HOPENE CYCLASE
ヘテロ分子

C: SQUALENE--HOPENE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8106
ポリマ－143,3002
非ポリマー1,5104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+2/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)140.897, 140.897, 244.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.484541, -0.874759, -0.004148), (0.874768, -0.484542, -0.000834), (-0.001281, -0.004033, 0.999991)141.123, -5.245, 1.529
2given(-0.529047, 0.848507, -0.012053), (-0.848531, -0.529126, -0.004461), (-0.010162, 0.007867, 0.999917)77.886, 121.444, 0.369
3given(-0.485848, -0.873918, -0.014797), (0.874022, -0.485884, -0.001242), (-0.006104, -0.013536, 0.99989)141.88901, -4.447, -0.369

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要素

#1: タンパク質 SQUALENE--HOPENE CYCLASE


分子量: 71650.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS (バクテリア)
解説: THERMOSTABLE, ACIDOPHILIC / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P33247, squalene-hopene cyclase
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE


分子量: 306.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-R71 / [4-({6-[ALLYL(METHYL)AMINO]HEXYL}OXY)-2-FLUOROPHENYL](4-BROMOPHENYL)METHANONE / Ro 48-8071


分子量: 448.368 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27BrFNO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYZES THE CREATION OF HOPENE BY CYCLIZATION OF SQUALENE.
配列の詳細MET 1 IS NOT IN SWISS-PROT ENTRY. RESIDUES UP TO ALA 10 AND AFTER ILE 628 HAVE NO ELECTRON DENSITY ...MET 1 IS NOT IN SWISS-PROT ENTRY. RESIDUES UP TO ALA 10 AND AFTER ILE 628 HAVE NO ELECTRON DENSITY (ALL PDB-NUMBERING).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: HANGING DROP WITH 5...8 MG/ML PROTEIN, 0.3 % (W/V) N-OCTYL-TETRAOXYETHYLENE, 50 MM SODIUM CITRATE (PH 4.8), 50 MM SODIUM CHLORIDE, 6...16 % (V/V) PEG-600 AND 1.5 MOLAR EXCESS (IN RESPECT TO ...詳細: HANGING DROP WITH 5...8 MG/ML PROTEIN, 0.3 % (W/V) N-OCTYL-TETRAOXYETHYLENE, 50 MM SODIUM CITRATE (PH 4.8), 50 MM SODIUM CHLORIDE, 6...16 % (V/V) PEG-600 AND 1.5 MOLAR EXCESS (IN RESPECT TO PROTEIN) RO48-8071 IN THE STARTING DROPLET. RESERVOIR CONTAINED 100 MM SODIUM CITRATE (PH 4.8), 100 MM SODIUM CHLORIDE, 6...16 % (V/V) PEG-600.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15-8 mg/mlSHC1drop
20.3 %(w/v)C8E41reservoir
350 mM1reservoirNaCl
450 mMsodium citrate1reservoirpH4.8
53-8 %(v/v)satPEG6001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200B / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 54249 / % possible obs: 78.8 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 47.6
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 79 % / Num. measured all: 156593 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 48 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.8→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1989 2.9 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 54200 78 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.0971 Å2 / ksol: 0.259545 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.15 Å24.68 Å20 Å2
2---2.15 Å20 Å2
3---4.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.79 Å0.75 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14892 0 147 255 15294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 206 3.8 %
Rwork0.384 5234 -
obs--47.7 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 3.7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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