PDB-1gqg: Quercetin 2,3-dioxygenase in complex with the inhibitor diethyldi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gqg

タイトル

Quercetin 2,3-dioxygenase in complex with the inhibitor diethyldithiocarbamate

要素

QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ASPERGILLUS JAPONICUS (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Steiner, R.A. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Functional Analysis of the Copper-Dependent Quercetin 2,3-Dioxygenase.1.Ligand-Induced Coordination Changes Probed by X-Ray Crystallography: Inhibition, Ordering Effect and Mechanistic Insights
著者: Steiner, R.A. / Kooter, I.M. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2001年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gqg.cif.gz	295.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gqg.ent.gz	245.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/1gqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gqhC 1juh C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h1m-1 1gqh-2 1juh-2 1lla-d 5kz6-d 6x7o-1 2jip-d 1juh-1 3gn6-6 1dmu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

B: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

C: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

D: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

C: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

D: QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.939, 55.646, 123.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	QUERCETIN 2,3-DIOXYGENASE 分子量: 37958.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS JAPONICUS (カビ) / 発現宿主: ASPERGILLUS AWAMORI (カビ) / 参照: UniProt: Q7SIC2*PLUS, quercetin 2,3-dioxygenase

-
糖 , 3種, 16分子

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1452分子

#4: 化合物	ChemComp-DCD / DIETHYLCARBAMODITHIOIC ACID / ジエチルジチオカルバミド酸分子量: 149.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NS₂
#5: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.5 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: HANGING DROP, 21-23% PEG 8000, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM CITRATE BUFFER, PH 5.2, 10 MM NA DIETHYLDITHIOCARBAMATE

結晶化

*PLUS

pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	15 mg/ml	protein	1	drop
2	50 mM	MES	1	drop	pH6.0
3	21-23 %(w/v)	PEG8000	1	reservoir
4	200 mM	ammonium sulfate	1	reservoir
5	100 mM	sodium citrate	1	reservoir	pH5.2
6	10 mM	DDC	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.845
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.845 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→19.92 Å / Num. obs: 148198 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 69.4
反射	PLUS 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 91.1 % / Num. measured all*: 637059
反射シェル	PLUS % possible obs*: 69.4 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.7→19.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.009 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.183	7426	5 %	RANDOM
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.162	140366	91.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10321	0	324	1444	12089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	11024
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.305	1.948	15137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.3	5124
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.5	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.184	0.3	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.166	0.5	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.521	1.5	6655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.942	2	10804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.729	3	4369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.799	4.5	4330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.259	427
R_work	0.198	7945

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5131	0.1189	-0.1264	0.5405	0.0477	1.1011	-0.0143	-0.1286	-0.0848	0.1125	-0.0501	-0.0603	0.0332	0.097	0.0644	0.0436	-0.0169	-0.0294	0.0832	0.0292	0.0744	67.4916	14.0422	71.3187
2	0.6557	-0.0125	-0.0796	1.0599	-0.0473	1.2274	-0.004	-0.0223	-0.0013	-0.0764	-0.0008	0.0611	0.0151	-0.1081	0.0048	0.0113	-0.0117	-0.02	0.0319	0.0001	0.0568	56.8618	16.6263	58.7575
3	0.3952	-0.1041	-0.1621	0.3113	0.05	0.5599	0.0356	-0.15	0.1023	0.1843	-0.0747	0.0622	-0.1239	0.0043	0.0391	0.1202	-0.0298	0.007	0.1305	-0.0011	0.1018	86.4485	25.8632	9.6403
4	0.6416	0.0778	0.03	1.1167	0.1934	1.618	0.0223	-0.0616	-0.0006	0.117	-0.0315	-0.0378	0.0702	0.1542	0.0092	0.0533	0.0051	-0.0055	0.0866	0.0269	0.07	92.4984	14.075	0.4629
5	1.0236	0.1503	-0.3052	0.3	-0.3957	1.2397	-0.0675	0.1447	-0.18	-0.2485	-0.0281	-0.0542	0.1779	0.15	0.0956	0.1443	0.0073	0.0361	0.1051	-0.0044	0.1103	75.7725	10.8764	37.5062
6	0.9075	0.0601	-0.2399	1.1173	-0.1422	1.5172	-0.0184	-0.0155	-0.0878	-0.0929	-0.0406	-0.1976	0.0631	0.3598	0.059	0.0409	0.0047	0.0201	0.1779	0.0495	0.133	86.3037	15.1432	48.7778
7	0.1455	-0.0223	0.0796	0.9489	-0.2703	1.2131	-0.0014	-0.0805	0.032	0.1457	-0.0222	0.032	-0.1901	-0.024	0.0236	0.1055	-0.0056	-0.0205	0.0786	-0.0251	0.0833	21.9364	-0.9293	25.2359
8	0.6522	-0.1786	0.0153	1.071	-0.0771	1.3463	0.022	0.0079	0.0919	0.0536	-0.0403	-0.2051	-0.2332	0.2022	0.0184	0.1131	-0.0601	-0.0318	0.1038	-0.0004	0.1273	33.7572	6.3452	15.8767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1352
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1351
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 350
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	4 - 153
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1352
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1351
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	167 - 350
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	3 - 154
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1352
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1351
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	166 - 350
13	X-RAY DIFFRACTION	7	D	4 - 155
14	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1352
15	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1351
16	X-RAY DIFFRACTION	8	D	170 - 350

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.184 / R_factor R_work: 0.161

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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