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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gpu | ||||||
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タイトル | Transketolase complex with reaction intermediate | ||||||
![]() | TRANSKETOLASE 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TRANSFERASE(KETONE RESIDUES) | ||||||
機能・相同性 | ![]() transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fiedler, E. / Thorell, S. / Sandalova, T. / Koenig, S. / Schneider, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Snapshot of a Key Intermediate in Enzymatic Thiamin Catalysis: Crystal Structure of the Alpha-Carbanion of (Alpha,Beta-Dihydroxyethyl)-Thiamin Diphosphate in the Active Site of ...タイトル: Snapshot of a Key Intermediate in Enzymatic Thiamin Catalysis: Crystal Structure of the Alpha-Carbanion of (Alpha,Beta-Dihydroxyethyl)-Thiamin Diphosphate in the Active Site of Transketolase from Saccharomyces Cerevisiae. 著者: Fiedler, E. / Thorell, S. / Sandalova, T. / Golbik, R. / Koenig, S. / Schneider, G. #1: ![]() タイトル: Identification of Catalytically Important Residues in Yeast Transketolase. 著者: Wikner, C. / Nilsson, U. / Meshalkina, L. / Udekwu, C. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. #2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1997 タイトル: Examination of the Thiamin Diphosphate Binding Site in Yeasttransketolase by Site-Directed Mutagenesis 著者: Meshalkina, L. / Nilsson, U. / Wikner, C. / Kostikowa, T. #3: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: How Thiamin Diphosphateis Activated in Enzyme 著者: Kern, D. / Kern, G. / Neef, H. / Tittmann, K. / Killenberg-Jabs, M. / Wikner, C. / Schneider, G. #4: ![]() タイトル: Refined Structure of Transketolase from Saccharomyces Cerevisiae at 2.0 Angstroms Resolution 著者: Nikkola, M. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 284.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 226.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1trkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.787981, 0.002369, -0.615696), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73887.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.9 / 詳細: pH 7.90 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2001年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 104364 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 89 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 333802 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1TRK 解像度: 1.86→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: DENSITY MODIFICATION / Bsol: 59.9 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.87 Å / Total num. of bins used: 50 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |