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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fm4 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE BIRCH POLLEN ALLERGEN BET V 1L | ||||||
要素 | MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-L | ||||||
キーワード | ALLERGEN / alpha-beta: 6 anti-parallel beta strands and 3 alpha helices. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Betula pendula (シダレカンバ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Markovic-Housley, Z. / Degano, M. / Lamba, D. / von Roepenack-Lahaye, E. / Clemens, S. / Susani, M. / Ferreira, F. / Scheiner, O. / Breiteneder, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of a Hypoallergenic Isoform of the Major Birch Pollen Allergen Bet v 1 and its Likely Biological Function as a Plant Steroid Carrier 著者: Markovic-Housley, Z. / Degano, M. / Lamba, D. / von Roepenack-Lahaye, E. / Clemens, S. / Susani, M. / Ferreira, F. / Scheiner, O. / Breiteneder, H. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: Isoforms of Bet v 1, the major birch pollen allergen, analyzed by liquid chromatography, mass spectrometry, and cDNA cloning. 著者: Swoboda, I. / Jilek, A. / Ferreira, F. / Engel, E. / Hoffman-Sommergruber, K. / Scheiner, O. / Kraft, D. / Breiteneder, H. / Pittenauer, E. / Schmid, E. / Vicente, O. / Heberle-Bors, E. / ...著者: Swoboda, I. / Jilek, A. / Ferreira, F. / Engel, E. / Hoffman-Sommergruber, K. / Scheiner, O. / Kraft, D. / Breiteneder, H. / Pittenauer, E. / Schmid, E. / Vicente, O. / Heberle-Bors, E. / Ahorn, H. / Breitenbach, M. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989 タイトル: The gene coding for the major birch pollen allergen Betv1, is highly homologous to a pea disease resistance response gene. 著者: Breiteneder, H. / Pettenburger, K. / Bito, A. / Valenta, R. / Kraft, D. / Rumpold, H. / Scheiner, O. / Breitenbach, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fm4.cif.gz | 47.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fm4.ent.gz | 33.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fm4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fm4_validation.pdf.gz | 948.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fm4_full_validation.pdf.gz | 951.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fm4_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fm4_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/1fm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/1fm4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17430.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Betula pendula (シダレカンバ) / 組織: POLLEN / プラスミド: PMW 175-BET V 1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43185 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100mM sodium acetate, 20mM ammonium sulphate, 30%Peg-MME 2000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→30 Å / Num. all: 32201 / Num. obs: 9670 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.07 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Num. unique all: 607 / % possible all: 59.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 32201 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 59.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.97→28.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 807800.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Bulk solvent correction
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.13 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→28.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.97→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(I): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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