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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fdy | ||||||
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タイトル | N-ACETYLNEURAMINATE LYASE IN COMPLEX WITH HYDROXYPYRUVATE | ||||||
要素 | N-ACETYLNEURAMINATE LYASE | ||||||
キーワード | LYASE / ALDOLASE / OXO-ACID LYASE / ALPHA-KETO-ACID LYASE / CARBON-CARBON LYASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / single-species biofilm formation / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Lawrence, M.C. / Barbosa, J.A.R.G. / Smith, B.J. / Hall, N.E. / Pilling, P.A. / Ooi, H.C. / Marcuccio, S.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Structure and mechanism of a sub-family of enzymes related to N-acetylneuraminate lyase. 著者: Lawrence, M.C. / Barbosa, J.A.R.G. / Smith, B.J. / Hall, N.E. / Pilling, P.A. / Ooi, H.C. / Marcuccio, S.M. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: The Three-Dimensional Structure of N-Acetylneuraminate Lyase from Escherichia Coli 著者: Izard, T. / Lawrence, M.C. / Malby, R.L. / Lilley, G.G. / Colman, P.M. #2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1992 タイトル: High-Level Production and Purification of Escherichia Coli N-Acetylneuraminic Acid Aldolase (Ec 4.1.3.3) 著者: Lilley, G.G. / Von Itzstein, M. / Ivanecic, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fdy.cif.gz | 227.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fdy.ent.gz | 187.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fdy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1fdy_validation.pdf.gz | 474.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1fdy_full_validation.pdf.gz | 513.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1fdy_validation.xml.gz | 46.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1fdy_validation.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/1fdy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/1fdy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32626.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT COMPLEX / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: TG1 解説: DESCRIBED IN LILLEY, G.G. ET AL. (1992) SEE REFERENCE 2 BELOW 遺伝子: NPL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6L4, N-acetylneuraminate lyase #2: 化合物 | ChemComp-3PY / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. WELL: 53% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 75 MILLIMOLAR SODIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.9). DROP: EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION AND PRE-REACTED ENZYME/HYDROXYPYRUVATE ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. WELL: 53% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 75 MILLIMOLAR SODIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.9). DROP: EQUAL VOLUMES OF WELL SOLUTION AND PRE-REACTED ENZYME/HYDROXYPYRUVATE COMPLEX (SEE JRNL REFERENCE), vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 37 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年9月1日 / 詳細: MSC MIRROR SYSTEM |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→100 Å / Num. obs: 60890 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.43 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.49 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 4.15 / % possible all: 80 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 148263 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 78 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NAL 解像度: 2.45→6 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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