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万見
- PDB-1fcp: FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE RECEPTOR (FHUA) FROM E.COLI IN COMPLEX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fcp
タイトルFERRIC HYDROXAMATE UPTAKE RECEPTOR (FHUA) FROM E.COLI IN COMPLEX WITH BOUND FERRICHROME-IRON
要素PROTEIN (FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE RECEPTOR)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TONB-DEPENDENT RECEPTOR / INTEGRAL OUTER MEMBRANE PROTEIN / FERRICHROME-IRON RECEPTOR / ACTIVE TRANSPORT / IRON TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / virion binding / toxic substance binding / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / protein domain specific binding / membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. ...TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETOACETIC ACID / AMINOETHANOLPYROPHOSPHATE / FERRICROCIN-IRON / 2-TRIDECANOYLOXY-PENTADECANOIC ACID / 3-OXO-PENTADECANOIC ACID / NICKEL (II) ION / Ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hofmann, E. / Ferguson, A.D. / Diederichs, K. / Welte, W.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Siderophore-mediated iron transport: crystal structure of FhuA with bound lipopolysaccharide.
著者: Ferguson, A.D. / Hofmann, E. / Coulton, J.W. / Diederichs, K. / Welte, W.
履歴
登録1998年10月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32014年11月19日Group: Other
改定 1.42016年2月17日Group: Non-polymer description
改定 1.52018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE RECEPTOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,79310
ポリマ－78,5251
非ポリマー4,2689
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.400, 171.400, 85.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 PROTEIN (FERRIC HYDROXAMATE UPTAKE RECEPTOR) / FHUA


分子量: 78524.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞内の位置: OUTER MEMBRANE / プラスミド: PHX405 / 細胞内の位置 (発現宿主): OUTER MEMBRANE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41, MET AUXOTROPH / 参照: UniProt: P06971
#2: 多糖 alpha-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-3)-4-O- ...alpha-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose-(1-3)-4-O-phosphono-D-glycero-beta-D-manno-heptopyranose-(1-3)-L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose-(1-5)-[3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-4)]3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-6)-2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose


分子量: 1891.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/7,9,8/[a2122h-1a_1-5_1*OPO/3O/3=O_2*N][a2122h-1a_1-5_2*N_4*OPO/3O/3=O][Aad1122h-2a_2-6][a11221h-1a_1-5][a11222h-1b_1-5_4*OPO/3O/3=O][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3-3-4-5-6-7-7/a6-b1_b6-c2_c4-d2_c5-e1_e3-f1_f3-g1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][P]{[(0+1)][a-D-GlcpN]{[(6+1)][a-D-GlcpN]{[(4+0)][P]{}[(6+2)][a-D-Kdop]{[(4+2)][a-D-Kdop]{}[(5+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Galp]{}[(6+1)][a-D-Galp]{}}[(4+0)][P]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 7種, 60分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-LIL / 2-TRIDECANOYLOXY-PENTADECANOIC ACID


分子量: 454.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H54O4
#5: 化合物 ChemComp-AAE / ACETOACETIC ACID / アセト酢酸


分子量: 102.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3
#6: 化合物 ChemComp-LIM / 3-OXO-PENTADECANOIC ACID / 3-オキソペンタデカン酸


分子量: 256.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O3
#7: 化合物 ChemComp-EA2 / AMINOETHANOLPYROPHOSPHATE / 2-アミノエタノ-ルジホスファ-ト


分子量: 221.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H9NO7P2
#8: 化合物 ChemComp-FCI / FERRICROCIN-IRON


分子量: 770.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44FeN9O13
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.42 %
結晶化pH: 6.4
詳細: 100MM NA-CACODYLATE, PH 6.4, 12.5% PEG2000 MME, 20% GLYCEROL, 3% PEG200
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16.5 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.4
311 %PEG2000MME1reservoir
420 %glycerol1reservoir
53 %PEG2001reservoir
60.8 %dimethyldecylamine-N-oxide1reservoir
71 %cis-inositol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.051
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年8月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 39633 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 60.4 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 98
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 98 % / Num. unique obs: 4038 / Rmerge(I) obs: 0.406

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS0.4精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1532 3.9 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 38894 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.65 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.58 Å22.21 Å20 Å2
2---16.58 Å20 Å2
3---33.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5512 0 268 52 5832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it7.881.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it10.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it12.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it14.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rwork0.353 6334 -
Rfree-0 -
obs--96.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4FHUA.PARFHUA.TOP
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.84
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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