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- PDB-1f8q: CRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA-MOMORCHARIN IN ACETONITRILE-WATER MIXTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f8q
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA-MOMORCHARIN IN ACETONITRILE-WATER MIXTURE
要素ALPHA-MOMORCHARIN
キーワードHYDROLASE / RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN / ORGANIC SLOVENT / MOMORCHARIN
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETONITRILE / PENTANEDIAL / Ribosome-inactivating protein momordin I
類似検索 - 構成要素
生物種Momordica charantia (ゴーヤ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhu, G. / Huang, Q. / Qian, M. / Tang, Y.
引用
ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of alpha-momorcharin in 80% acetonitrile--water mixture
著者: Zhu, G. / Huang, Q. / Qian, M. / Tang, Y.
#1: ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 1995
タイトル: Studies on Crystal Structures, Active-Centre Geometry and Depurinating Mechanism of Two Ribosome-Inactivating Proteins
著者: Huang, Q. / Liu, S. / Tang, Y. / Jin, S. / Wang, Y.
履歴
登録2000年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-MOMORCHARIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2197
ポリマ－29,1181
非ポリマー1,1016
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.510, 131.510, 39.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-395-

HOH

21A-396-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-MOMORCHARIN


分子量: 29117.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Momordica charantia (ゴーヤ) / 参照: UniProt: P16094, rRNA N-glycosylase
#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-xylopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 718.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-2DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a212h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Xylp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PTD / PENTANEDIAL / グルタルアルデヒド


分子量: 100.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O2
#4: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル


分子量: 41.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: PEG 3350, Tris-HCl, ATP, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 4.1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mMHAc-NaAc1droppH4.1
23 mMATP1drop
314 mg/mlprotein1drop
420 mMTris-HCl1reservoir
520 %(w/v)PEG33501reservoirpH7.12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22941
放射光源
由来タイプID波長
回転陽極RIGAKU RU30011.54178
回転陽極RIGAKU RU30021.54178
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE1999年11月22日
RIGAKU RAXIS IIC2IMAGE PLATE2000年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→66 Å / Num. all: 12473 / Num. obs: 11526 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Num. unique all: 946 / % possible all: 70.2
反射
*PLUS
% possible obs: 85.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.272 1033 RANDOM
Rwork0.198 --
all0.204 11256 -
obs0.204 11256 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 75 96 2102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.28
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 11526 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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