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- PDB-1f5a: CRYSTAL STRUCTURE OF MAMMALIAN POLY(A) POLYMERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f5a
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MAMMALIAN POLY(A) POLYMERASE
要素POLY(A) POLYMERASEPolynucleotide adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / mRNA processing (転写後修飾) / transcription (転写 (生物学)) / RNA-binding / phosphorylation (リン酸化) / nuclear protein / alternative splicing helical turn motif / nucleotidyl transferase catalytic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Intronless Pre-mRNAs / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / cytosolic mRNA polyadenylation / : / manganese ion binding ...mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Intronless Pre-mRNAs / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / cytosolic mRNA polyadenylation / : / manganese ion binding / magnesium ion binding / RNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Poly(A) polymerase / : / Poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poly(A) polymerase, RNA-binding domain / Poly(A) polymerase, central domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Poly(A) polymerase central domain / Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal ...Poly(A) polymerase / : / Poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poly(A) polymerase, RNA-binding domain / Poly(A) polymerase, central domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Poly(A) polymerase central domain / Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TRIPHOSPHATE / : / Poly(A) polymerase alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Martin, G. / Keller, W. / Doublie, S.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of mammalian poly(A) polymerase in complex with an analog of ATP.
著者: Martin, G. / Keller, W. / Doublie, S.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996
タイトル: Mutational analysis of mammalian poly(A) polymerase identifies a region for primer binding and catalytic domain, homologous to the family X polymerases, and to other nucleotidyltransferases.
著者: Martin, G. / Keller, W.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Mapping of ATP binding regions in poly(A) polymerases by photoaffinity labeling and by mutational analysis identifies a domain conserved in many nucleotidyltransferases.
著者: Martin, G. / Jeno, P. / Keller, W.
履歴
登録2000年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLY(A) POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3586
ポリマ－59,4441
非ポリマー9145
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.550, 62.720, 179.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 POLY(A) POLYMERASE / Polynucleotide adenylyltransferase


分子量: 59444.172 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DELETION MUTANT MISSING RESIDUES 514-738 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25500, polynucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-3AT / 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CORDYCEPIN TRIPHOSPHATE / 3′-dATP / デオキシアデノシン三リン酸


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#4: 化合物 ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸 / Polyphosphate


分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5O10P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG8000, Ammonium sulfate, MES buffer, Calcium chloride, manganese chloride, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
122 %(w/v)PEG80001reservoir
2100 mMMES1reservoir
3120 mMammonium sulfate1reservoir
45 mM1reservoirCaCl2
52 mM1reservoirMnCl2
62 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
シンクロトロンNSLS X12C10.9789
回転陽極RIGAKU RU30021.5418
検出器
タイプID検出器日付
BRANDEIS1CCD1999年10月8日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE1999年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
21.54181
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 19890 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.267 / % possible all: 65.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MHLH
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1368 7 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all-19890 --
obs-19890 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.0537 Å2 / ksol: 0.352814 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3734 0 46 168 3948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.142.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.67 Å / Rfactor Rfree: 0.31 / Rfactor Rwork: 0.254
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.31 / Rfactor Rwork: 0.254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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