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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1exc | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF B. SUBTILIS MAF PROTEIN COMPLEXED WITH D-(UTP) | ||||||
![]() | PROTEIN MAF | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / B.subtilis Maf protein complexed with dUTP / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() dTTP diphosphatase activity / UTP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Minasov, G. / Teplova, M. / Stewart, G.C. / Koonin, E.V. / Anderson, W.F. / Egli, M. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Functional implications from crystal structures of the conserved Bacillus subtilis protein Maf with and without dUTP. 著者: Minasov, G. / Teplova, M. / Stewart, G.C. / Koonin, E.V. / Anderson, W.F. / Egli, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chains A and B. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21323.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-DUT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 12658 / Num. obs: 12658 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Num. unique all: 1261 / % possible all: 92 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→17 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→17 Å
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拘束条件 |
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