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- PDB-1exc: CRYSTAL STRUCTURE OF B. SUBTILIS MAF PROTEIN COMPLEXED WITH D-(UTP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1exc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF B. SUBTILIS MAF PROTEIN COMPLEXED WITH D-(UTP)
要素PROTEIN MAF
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / B.subtilis Maf protein complexed with dUTP / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


dTTP diphosphatase activity / UTP diphosphatase activity / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside triphosphate pyrophosphatase Maf-like protein / Maf-like protein / Maf protein - #10 / Maf protein / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP/UTP pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Minasov, G. / Teplova, M. / Stewart, G.C. / Koonin, E.V. / Anderson, W.F. / Egli, M. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Functional implications from crystal structures of the conserved Bacillus subtilis protein Maf with and without dUTP.
著者: Minasov, G. / Teplova, M. / Stewart, G.C. / Koonin, E.V. / Anderson, W.F. / Egli, M.
履歴
登録2000年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN MAF
B: PROTEIN MAF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5427
ポリマ－42,6472
非ポリマー1,8965
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN MAF
ヘテロ分子

B: PROTEIN MAF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5427
ポリマ－42,6472
非ポリマー1,8965
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1/2,-y,z+1/21
Buried area4240 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.10, 86.58, 93.73
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chains A and B.

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN MAF


分子量: 21323.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02169
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-DUT / DEOXYURIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dUTP


分子量: 468.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 8% PEG 8000, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1reservoir
38 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / タイプ: APS / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 12658 / Num. obs: 12658 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Num. unique all: 1261 / % possible all: 92
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 2.7→17 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1211 -RANDOM 10% of the observed data
Rwork0.197 ---
all-12260 --
obs-12260 85.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2926 0 113 140 3179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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