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- PDB-1ex9: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PSEUDOMONAS AERUGINOSA LIPASE COMPLEXED ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ex9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PSEUDOMONAS AERUGINOSA LIPASE COMPLEXED WITH RC-(RP,SP)-1,2-DIOCTYLCARBAMOYL-GLYCERO-3-O-OCTYLPHOSPHONATE
要素LACTONIZING LIPASE
キーワードHYDROLASE / Lipase / alpha-beta hydrolase fold / Pseudomonas / phosphonate inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipases, serine active site. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OCP / Triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Nardini, M. / Lang, D.A. / Liebeton, K. / Jaeger, K.-E. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of pseudomonas aeruginosa lipase in the open conformation. The prototype for family I.1 of bacterial lipases.
著者: Nardini, M. / Lang, D.A. / Liebeton, K. / Jaeger, K.E. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2000年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LACTONIZING LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7793
ポリマ－30,1611
非ポリマー6192
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.470, 50.963, 110.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 LACTONIZING LIPASE / TRIACYL-GLYCEROL LIPASE


分子量: 30160.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: PEL11 / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株 (発現宿主): PAC1R / 参照: UniProt: P26876, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-OCP / OCTYL-PHOSPHINIC ACID 1,2-BIS-OCTYLCARBAMOYLOXY-ETHYL ESTER


分子量: 578.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H59N2O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: MPD, calcium chloride, citrate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
31 %beta-octylpyranoside1drop
425 %MPD1reservoir
520 mM1reservoirCaCl2
6100 mMcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→28.55 Å / Num. all: 34304 / Num. obs: 8772 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.119
反射 シェル解像度: 2.54→28.55 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Num. unique all: 1056 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 34304
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.54→28.55 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2454 413 -RANDOM
Rwork0.1951 ---
all0.1951 8739 --
obs0.1951 34304 98.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→28.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2125 0 39 112 2276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.237 / Rfactor Rwork: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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