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- PDB-1ewj: CRYSTAL STRUCTURE OF BLEOMYCIN-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH BLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ewj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BLEOMYCIN-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH BLEOMYCIN
要素BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
キーワードANTIBIOTIC INHIBITOR / bleomycin-binding protein / bleomycin / antibiotics resistance / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Bleomycin resistance protein / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BLEOMYCIN A2 / Bleomycin resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Maruyama, M. / Kumagai, T. / Matoba, Y. / Hata, Y. / Sugiyama, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of the transposon Tn5-carried bleomycin resistance determinant uncomplexed and complexed with bleomycin.
著者: Maruyama, M. / Kumagai, T. / Matoba, Y. / Hayashida, M. / Fujii, T. / Hata, Y. / Sugiyama, M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The 1.7 A Crystal structure of a bleomycin resistance protein encoded on the transposon Tn5
著者: Maruyama, M. / Matoba, Y. / Kumagai, T. / Sugiyama, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of bleomycin-binding protein encoded on the transposon Tn5
著者: Kumagai, T. / Maruyama, M. / Matoba, Y. / Kawano, Y. / Sugiyama, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The 1.5 A crystal structure of a bleomycin resistance determinant from bleomycin-producing Streptomyces verticillus
著者: Kawano, Y. / Kumagai, T. / Muta, K. / Matoba, Y. / Sugiyama, M.
履歴
登録2000年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
B: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
C: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
D: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
E: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
F: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
G: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
H: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,01216
ポリマ－112,6798
非ポリマー11,3328
水86548
1
A: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
B: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0034
ポリマ－28,1702
非ポリマー2,8332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
2
C: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
D: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0034
ポリマ－28,1702
非ポリマー2,8332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA
3
E: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
F: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0034
ポリマ－28,1702
非ポリマー2,8332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
4
G: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
H: BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0034
ポリマ－28,1702
非ポリマー2,8332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.270, 117.000, 79.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a homodimer

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要素

#1: タンパク質
BLEOMYCIN RESISTANCE DETERMINANT


分子量: 14084.935 Da / 分子数: 8 / 断片: CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 解説: CULTURE BROTH / 遺伝子: TRANSPOSON TN5 / プラスミド: PKKTRP / 発現宿主: Streptomyces verticillus (バクテリア) / 参照: UniProt: P13081
#2: 化合物
ChemComp-BLM / BLEOMYCIN A2 / N1-[3-(DIMETHYLSULFONIO)-PROPYL]BLEOMYCINAMIDE


分子量: 1416.560 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H85N17O21S3 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium chloride, 2-(N-morpholino)-etanesulfonic acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 mg/mlprotein1drop
215 %PEG60001reservoir
30.1 Mammonium sulfate1reservoir
40.02 Mmagnesium chloride1reservoir
50.05 MMES-NaOH1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→100 Å / Num. all: 31016 / Num. obs: 27188 / % possible obs: 70 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.03 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 4.06
反射 シェル解像度: 2.5→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 0.372 / Num. unique all: 7014 / % possible all: 56.9
反射
*PLUS
% possible obs: 70.1 % / Num. measured all: 62934
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 56.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 1313 4.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.225 27188 --
obs0.218 27018 71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.72 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7536 0 768 48 8352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.551.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.382
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.762
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.822.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 184 5.1 %
Rwork0.333 3448 -
obs--58.3 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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