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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1epr | ||||||
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タイトル | ENDOTHIA ASPARTIC PROTEINASE (ENDOTHIAPEPSIN) COMPLEXED WITH PD-135,040 | ||||||
要素 | ENDOTHIAPEPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / ACID PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cryphonectria parasitica (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Badasso, M. / Crawford, M. / Cooper, J.B. / Blundell, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: A structural comparison of 21 inhibitor complexes of the aspartic proteinase from Endothia parasitica. 著者: Bailey, D. / Cooper, J.B. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: The 3D Structure at 2 Angstroms Resolution of Endothiapepsin 著者: Blundell, T.L. / Jenkins, J. / Sewell, B.T. / Pearl, L.H. / Cooper, J.B. / Tickle, I.J. / Veerapandian, B. / Wood, S.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1epr.cif.gz | 77.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1epr.ent.gz | 59.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1epr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1epr_validation.pdf.gz | 479.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1epr_full_validation.pdf.gz | 494.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1epr_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1epr_validation.cif.gz | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/1epr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/1epr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THR E 22 - PRO E 23 OMEGA = 293.30 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: SER E 132 - PRO E 133 OMEGA = 30.48 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: GLN E 134A - GLN E 135 OMEGA = 80.17 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin |
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#2: 化合物 | ChemComp-0QS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | RESIDUES 63A, 80A, 134A, 184A, 203A, 204A, 238A, 282A, 282B, AND 319A IN CHAIN E ARE INSERTIONS ...RESIDUES 63A, 80A, 134A, 184A, 203A, 204A, 238A, 282A, 282B, AND 319A IN CHAIN E ARE INSERTIONS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.3 Å |
-解析
ソフトウェア | 名称: RESTRAIN / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→12 Å / σ(F): 3 詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE ...詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE DERIVED BY THE FOLLOWING RELATION: B = 8 * (PI)**2 * U**2. THERE ARE ARE LARGE NUMBER OF CLOSE ATOMIC INTERACTIONS, SOME AMONG ATOMS WITHIN THE ENTRY AND OTHERS BETWEEN ATOMS WITHIN THE ENTRY AND SYMMETRY-RELATED ENTRIES.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: RESTRAIN / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.181 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |