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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1el3 | ||||||
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タイトル | HUMAN ALDOSE REDUCTASE COMPLEXED WITH IDD384 INHIBITOR | ||||||
![]() | ALDOSE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ALDOSE REDUCTASE / INHIBITION / DIABETES | ||||||
機能・相同性 | ![]() glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase ...glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / metanephric collecting duct development / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / regulation of urine volume / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / renal water homeostasis / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / epithelial cell maturation / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cellular hyperosmotic salinity response / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Podjarny, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of human aldose reductase bound to the inhibitor IDD384. 著者: Calderone, V. / Chevrier, B. / Van Zandt, M. / Lamour, V. / Howard, E. / Poterszman, A. / Barth, P. / Mitschler, A. / Lu, J. / Dvornik, D.M. / Klebe, G. / Kraemer, O. / Moorman, A.R. / Moras, D. / Podjarny, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35898.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-I84 / [ |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 15 MG/ML AR, 5% PEG 6000, 50 MM AMMONIUM CITRATE PH 5.0 (DROP), 20% PEG 6000, 120 MM AMMONIUM CITRATE PH 5.0 (RESERVOIR), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月9日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→14 Å / Num. all: 34934 / Num. obs: 33072 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 6 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 80 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.17 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: ALDOSE REDUCTASE NATIVE 解像度: 1.7→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10466377.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.9872 Å2 / ksol: 0.447694 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 16.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.225 / % reflection Rfree: 9.4 % / Rfactor Rwork: 0.214 / Rfactor obs: 0.214 |