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- PDB-1e3d: [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e3d
タイトル[NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774
要素([NiFe] hydrogenase ...) x 2
キーワードHYDROGENASE / MOLECULAR MODELLING / ELECTRON TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / Chem-FNE / Chem-FSX / HYDROSULFURIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / [NiFe] hydrogenase large subunit / cytochrome-c3 hydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Matias, P.M. / Soares, C.M. / Saraiva, L.M. / Coelho, R. / Morais, J. / Le Gall, J. / Carrondo, M.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2001
タイトル: [Nife] Hydrogenase from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774: Gene Sequencing, Three-Dimensional Structure Determination and Refinement at 1.8 A and Modelling Studies of its ...タイトル: [Nife] Hydrogenase from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774: Gene Sequencing, Three-Dimensional Structure Determination and Refinement at 1.8 A and Modelling Studies of its Interaction with the Tetrahaem Cytochrome C3.
著者: Matias, P.M. / Soares, C.M. / Saraiva, L.M. / Coelho, R. / Morais, J. / Le Gall, J. / Carrondo, M.A.
履歴
登録2000年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年6月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / entity / entity_src_nat / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site_anisotrop.id / _citation.page_last ..._atom_site_anisotrop.id / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.12023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [NiFe] hydrogenase small subunit
B: [NiFe] hydrogenase large subunit
C: [NiFe] hydrogenase small subunit
D: [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,06118
ポリマ－177,3854
非ポリマー2,67614
水25,2031399
1
A: [NiFe] hydrogenase small subunit
B: [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0319
ポリマ－88,6932
非ポリマー1,3387
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: [NiFe] hydrogenase small subunit
D: [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0319
ポリマ－88,6932
非ポリマー1,3387
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.090, 169.980, 72.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.96057, -0.08734, -0.26397), (0.26559, 0.00729, 0.96406), (-0.08228, -0.99615, 0.0302)-18.34738, -9.93614, 89.03285
2given(0.96215, -0.07914, -0.26076), (0.26142, -0.00206, 0.96522), (-0.07692, -0.99686, 0.01871)-18.77254, -9.52556, 89.06219

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要素

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[NiFe] hydrogenase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 [NiFe] hydrogenase small subunit


分子量: 28682.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L869
#2: タンパク質 [NiFe] hydrogenase large subunit


分子量: 60009.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L868

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非ポリマー , 7種, 1413分子

#3: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-FSX / BIS-(MU-2-OXO),[(MU-3--SULFIDO)-BIS(MU-2--SULFIDO)-TRIS(CYS-S)-TRI-IRON] (AQUA)(GLU-O)IRON(II) / FE4-S3-O3 CLUSTER


分子量: 367.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O3S3
#6: 化合物
ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#7: 化合物 ChemComp-FNE / (MU-SULPHIDO)-BIS(MU-CYS,S)-[TRICARBONYLIRON-DI-(CYS,S)NICKEL(II)](FE-NI)


分子量: 230.634 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeNiO3S
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THERE IS AN INITIAL MET 1 THAT WAS NOT CONSIDERED IN THE SEQUENCE USED FOR THE CRYSTALLOGRAPHIC ...THERE IS AN INITIAL MET 1 THAT WAS NOT CONSIDERED IN THE SEQUENCE USED FOR THE CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT. THUS, THERE IS A +1 RESIDUE NUMBER SHIFT BETWEEN THE COORDINATES AND THE PUBLISHED SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 25% (W/V) PEG 4000, 0.1 M TRIS-HCL BUFFER PH 8.5, 0.2 M MGCL2 AND A TRACE AMOUNT OF A DETERGENT, C12-DAO.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 %(w/v)PEG40001reservoir
20.1 MTris-HCl1reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
4C12-DAO1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.932
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32 Å / Num. obs: 135264 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 96
反射
*PLUS
Num. measured all: 337524
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FRV

1frv


解像度: 1.8→25 Å / Num. parameters: 55536 / Num. restraintsaints: 52359 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: FOR EACH CHAIN THE N-TERMINAL RESIDUES 1-4 (CHAINS A AND C) AND 1-5 (CHAINS B AND D) WERE NOT OBSERVED IN THE DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2231 6552 5 %RANDOM SAMPLE
obs0.1671 -95.4 %-
all-135233 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 11896.01 / Occupancy sum non hydrogen: 13663.51
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12352 0 74 1399 13825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.051
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.337
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.041
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.03
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.1671
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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