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- PDB-1e3b: CYCLOPHILIN 3 FROM C.ELEGANS COMPLEXED WITH AUP(ET)3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e3b
タイトルCYCLOPHILIN 3 FROM C.ELEGANS COMPLEXED WITH AUP(ET)3
要素CYCLOPHILIN 3
キーワードISOMERASE / AUPET3 ADDUCT CYCLOPHILIN ANTIARTHRITIC GOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLPHOSPHANE / : / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 3
類似検索 - 構成要素
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Zou, J. / Taylor, P. / Dornan, J. / Robinson, S.P. / Walkinshaw, M.D. / Sadler, P.J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2000
タイトル: First Crystal Structure of a Medicinally Relevant Gold Protein Complex:Unexpected Binding of [Au(Pet (3))](+) to Histidine
著者: Zou, J. / Taylor, P. / Dornan, J. / Robinson, S.P. / Walkinshaw, M.D. / Sadler, P.J.
履歴
登録2000年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLOPHILIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8913
ポリマ－18,5761
非ポリマー3152
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.157, 61.157, 123.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 CYCLOPHILIN 3


分子量: 18576.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P52011
#2: 化合物 ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 化合物 ChemComp-3EP / TRIETHYLPHOSPHANE / トリエチルホスフィン


分子量: 118.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: HANGING DROP PH5.6 15.5% W/V MPEG 5000, 50 MM SODIUM CITRATE. WELL SOLUTION: 31% MPEG 5000, 100MM SODIUM CITRATE, pH 5.60
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
116 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium citrate1drop
316-17.5 %(w/v)mPEG50001drop
4100 mMsodium citrate1reservoir
532-35 %(w/v)mPEG50001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1.3
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月17日 / 詳細: PT COATED TORROIDAL MIRRO
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→35 Å / Num. obs: 20154 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.12 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 24.03
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 9.92 / % possible all: 1
反射
*PLUS
Num. measured all: 185907
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CYCLOPHILIN 3 NATIVE

解像度: 1.85→31 Å / Num. parameters: 6117 / Num. restraintsaints: 5315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: AU PET3 PARAMETERS CALCULATED FROM SMALL MOLECULE DATABASE (CCDC)
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.03
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 1001 0.1 %RANDOM
all0.1848 19153 --
obs0.1848 -93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1526
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1296 0 8 217 1521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0276
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.072
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_chiral_restr / Dev ideal: 0.036

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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