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- PDB-1dzt: RMLC FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dzt
タイトルRMLC FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM
要素DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE 3\,5-EPIMERASE
キーワードISOMERASE / 3\ / 5 HEXULOSE EPIMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-O-ACETYLTHYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-TPE / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Giraud, M.F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Rmlc, the Third Enzyme of Dtdp-L-Rhamnose Pathway, is a New Class of Epimerase.
著者: Giraud, M.F. / Leonard, G.A. / Field, R.A. / Berlind, C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2000年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE 3\,5-EPIMERASE
B: DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE 3\,5-EPIMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,89410
ポリマ－41,3692
非ポリマー1,5258
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-62.2 kcal/mol
Surface area15930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.800, 71.800, 184.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.04177, 0.79933, -0.59943), (0.79444, -0.39041, -0.46524), (-0.6059, -0.45678, -0.65133)
ベクター: 3.30174, 55.73008, 79.9013)

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE 3\,5-EPIMERASE / DTDP-4-KETO-6-DEOXYGLUCOSE 3\ / 5-EPIMERASE / DTDP-L-RHAMNOSE SYNTHETASE


分子量: 20684.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA TYPHIMURIUM (サルモネラ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: P26394, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

-
非ポリマー , 5種, 327分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TPE / 3'-O-ACETYLTHYMIDINE-(5' DIPHOSPHATE PHENYL ESTER)


分子量: 520.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N2O12P2
#5: 化合物 ChemComp-ATY / 3'-O-ACETYLTHYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 444.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N2O12P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.93 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.75 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Giraud, M.-F., (1999) Acta Crystallogr, D55, 706.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
125 mMTris-HCl1drop
23.75 mg/mlprotein1drop
35 mMdithiothreitol1drop
41.6 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 28562 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 30.7
反射
*PLUS
最低解像度: 3 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.28 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 6.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DZR

1dzr


解像度: 2.2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 -5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 28562 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2926 0 96 319 3341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.71
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 40 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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