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万見
- PDB-1doh: STRUCTURE OF TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE IN COMPLEX WITH NADP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1doh
タイトルSTRUCTURE OF TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE IN COMPLEX WITH NADPH AND 4-NITRO-INDEN-1-ONE
要素TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / PROTEIN-NADPH-ACTIVE SITE INHIBITOR COMPLEX / DINUCLEOTIDE BINDING FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrahydroxynaphthalene reductase / tetrahydroxynaphthalene reductase activity / melanin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / 4-NITRO-INDEN-1-ONE / Tetrahydroxynaphthalene reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Magnaporthe grisea (菌類)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liao, D.I. / Basarab, G.S. / Gatenby, A.A. / Jordan, D.B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structures of trihydroxynaphthalene reductase-fungicide complexes: implications for structure-based design and catalysis.
著者: Liao, D. / Basarab, G.S. / Gatenby, A.A. / Valent, B. / Jordan, D.B.
履歴
登録1999年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE
B: TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1966
ポリマ－60,3552
非ポリマー1,8414
水7,512417
1
A: TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE
B: TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE
B: TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,39312
ポリマ－120,7114
非ポリマー3,6828
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area24050 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area33630 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)142.800, 142.800, 72.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 TRIHYDROXYNAPHTHALENE REDUCTASE


分子量: 30177.682 Da / 分子数: 2 / 変異: S241V, A242Q, H247R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe grisea (菌類) / プラスミド: PTHNR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PET11 (NOVAGEN) / 参照: UniProt: Q12634, tetrahydroxynaphthalene reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-NID / 4-NITRO-INDEN-1-ONE


分子量: 175.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H5NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG6000, GLYCEROL, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %PEG60001reservoir
210 %glycerol1reservoir
30.1 MMES-NaOH1reservoir
420-23 mg/mlprotein1drop
550 mMTris-HCl1drop
610 mMNADPH1drop
72 mMinhibitor1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 49907 / Num. obs: 47473 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 25.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / % possible all: 76
反射
*PLUS
Num. measured all: 209443
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 4616 -
Rwork0.205 --
obs0.205 46163 97 %
all-46505 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4057 0 122 417 4596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.451
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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