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万見
- PDB-1dlk: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF DELTA-CHYMOTRYPSIN BOUND TO A PEPTI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dlk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF DELTA-CHYMOTRYPSIN BOUND TO A PEPTIDYL CHLOROMETHYL KETONE INHIBITOR
要素
  • Thrombin heavy chain
  • Thrombin light chain
  • peptidic inhibitor
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Delta-chymotrypsin / peptidic inhibior / chloromethyl ketone / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Z-GLY-GLY-PHE-CHLOROMETHYL KETONE (BOUND FORM) / Chymotrypsinogen A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Mac Sweeney, A. / Birrane, G. / Walsh, M.A. / O'Connell, T. / Malthouse, J.P.G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of delta-chymotrypsin bound to a peptidyl chloromethyl ketone inhibitor.
著者: Mac Sweeney, A. / Birrane, G. / Walsh, M.A. / O'Connell, T. / Malthouse, J.P. / Higgins, T.M.
履歴
登録1999年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32018年9月12日Group: Advisory / Data collection / Structure summary
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_molecule_features ...diffrn_source / pdbx_molecule_features / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
E: peptidic inhibitor
F: peptidic inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8887
ポリマ－51,8526
非ポリマー351
水5,062281
1
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
E: peptidic inhibitor
ヘテロ分子

C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
F: peptidic inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8887
ポリマ－51,8526
非ポリマー351
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+3/2,x-1/2,z+1/41
Buried area6920 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
2
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
E: peptidic inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9624
ポリマ－25,9263
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
3
C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
F: peptidic inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9263
ポリマ－25,9263
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.170, 121.170, 116.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.03684, -0.49183, 0.86991), (0.99791, -0.02806, -0.05812), (0.05299, 0.87024, 0.48977)
ベクター: 0.5685, -0.14946, -0.35459)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Thrombin light chain


分子量: 1253.511 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#2: タンパク質 Thrombin heavy chain


分子量: 24206.271 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 16-245 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00766, chymotrypsin
#3: タンパク質・ペプチド peptidic inhibitor


タイプ: Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 466.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: this sequence was synthetically constructed / 参照: Z-GLY-GLY-PHE-CHLOROMETHYL KETONE (BOUND FORM)
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE PEPTIDIC INHIBITOR BINDS TO THROMBIN THROUGH TWO COVALENT BONDS: A BOND BETWEEN 0QE AND HIS 57 ...THE PEPTIDIC INHIBITOR BINDS TO THROMBIN THROUGH TWO COVALENT BONDS: A BOND BETWEEN 0QE AND HIS 57 AND A HEMIKETAL BETWEEN HPH AND SER 195.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.6 M ammonium sulfate, 200 mM MES-HCl, 10 mM CoCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
22.6 Mammonium sulfate1reservoir
310 mM1reservoirCoCl2
4200 mMMES-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.911
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→40 Å / Num. all: 48065 / Num. obs: 39978 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.14→2.18 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Num. unique all: 2370 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 48065 / % possible obs: 99.6 % / Num. measured all: 308959
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 4.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化解像度: 2.14→19.9 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: John Priestle / 詳細: Used maximum likelihood procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2428 -RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.207 60282 --
obs0.206 45515 75.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3624 0 1 281 3906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.018
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 48013 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 2370 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.251
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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