+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dlk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF DELTA-CHYMOTRYPSIN BOUND TO A PEPTIDYL CHLOROMETHYL KETONE INHIBITOR | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Delta-chymotrypsin / peptidic inhibior / chloromethyl ketone / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() chymotrypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mac Sweeney, A. / Birrane, G. / Walsh, M.A. / O'Connell, T. / Malthouse, J.P.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of delta-chymotrypsin bound to a peptidyl chloromethyl ketone inhibitor. 著者: Mac Sweeney, A. / Birrane, G. / Walsh, M.A. / O'Connell, T. / Malthouse, J.P. / Higgins, T.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 87.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 485.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.03684, -0.49183, 0.86991), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1253.511 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 24206.271 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 16-245 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質・ペプチド | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | THE PEPTIDIC INHIBITOR BINDS TO THROMBIN THROUGH TWO COVALENT BONDS: A BOND BETWEEN 0QE AND HIS 57 ...THE PEPTIDIC INHIBITOR BINDS TO THROMBIN THROUGH TWO COVALENT BONDS: A BOND BETWEEN 0QE AND HIS 57 AND A HEMIKETAL BETWEEN HPH AND SER 195. | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.6 M ammonium sulfate, 200 mM MES-HCl, 10 mM CoCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→40 Å / Num. all: 48065 / Num. obs: 39978 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.18 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Num. unique all: 2370 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 48065 / % possible obs: 99.6 % / Num. measured all: 308959 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.14→19.9 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: John Priestle / 詳細: Used maximum likelihood procedure
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→19.9 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 48013 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 2370 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.251 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 2 |