[日本語] English
万見
- PDB-1dbo: CRYSTAL STRUCTURE OF CHONDROITINASE B -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dbo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CHONDROITINASE B
要素CHONDROITINASE B
キーワードLYASE / ACTIVE SITE / BETA-ELIMINATION / DEMATAN SULFATE
機能・相同性
機能・相同性情報


chondroitin B lyase / chondroitin B lyase activity
類似検索 - 分子機能
PL-6 family / Chondroitinase B / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chondroitinase-B
類似検索 - 構成要素
生物種Pedobacter heparinus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Huang, W. / Matte, A. / Li, Y. / Kim, Y.S. / Linhardt, R.J. / Su, H. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of chondroitinase B from Flavobacterium heparinum and its complex with a disaccharide product at 1.7 A resolution.
著者: Huang, W. / Matte, A. / Li, Y. / Kim, Y.S. / Linhardt, R.J. / Su, H. / Cygler, M.
履歴
登録1999年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年9月16日Group: Other
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CHONDROITINASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9573
ポリマ－56,3921
非ポリマー1,5642
水8,557475
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.600, 74.400, 58.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 CHONDROITINASE B


分子量: 56392.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pedobacter heparinus (バクテリア) / 参照: GenBank: U27584, UniProt: Q46079*PLUS
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-O-methyl-beta-L-fucopyranose-(1-4) ...4-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-[beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-O-methyl-beta-L-fucopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1102.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/7,7,6/[a1122h-1a_1-5][a2122A-1a_1-5][a212h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5_2*OC][a21d2h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5][a2211m-1a_1-5]/1-2-3-4-5-6-7/a2-b1_a4-g1_b4-c1_c4-d1_d3-e1_d4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Arap2Me]{[(3+1)][a-D-4-deoxy-Glcp]{}[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}[(4+1)][a-L-Rhap]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4-deoxy-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 461.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O_4*OSO/3=O/3=O][a21d2A-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GalpNAc4SO3]{[(3+1)][b-D-4-deoxy-GlcpA]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.8652 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.7
詳細: PEG8000, 2-METHYL-2,4-PENTADIOL, AMMONIUM ACETATE, TRIS, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Li, Y., (1999) Acta Crystallog. Sect., D55, 1055.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16-8 mg/mlprotein1drop
219 %(w/v)PEG80001reservoir
3100 mMBicine1reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir
50.15 Mammonium acetate1reservoir
615 %(v/v)MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 44142 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / % possible all: 57.8
反射
*PLUS
Num. obs: 44142 / Num. measured all: 135533
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57.8 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→19.95 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.217 1333 RANDOM
Rwork0.181 --
obs0.178 44083 -
all-47848 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.249 Å20 Å20.393 Å2
2--0.515 Å20 Å2
3----0.265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3783 0 103 475 4361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.75
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3 % / Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る