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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d7a | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PURE-MONONUCLEOTIDE COMPLEX. | ||||||
![]() | PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE CARBOXYLASE | ||||||
![]() | LYASE / THREE-LAYER (ALPHA-BETA-ALPHA) SANDWICH N5-CAIR MUTASE (PURE) / AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE (AIR) | ||||||
機能・相同性 | ![]() 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mathews, I.I. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Escherichia coli PurE, an unusual mutase in the purine biosynthetic pathway. 著者: Mathews, I.I. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Ealick, S.E. #1: ![]() タイトル: Evidence for the Direct Transfer of the Carboxylate of N5-Carboxyaminoimidazole Ribonucleotide (N5-Cair) to Generate 4-Carboxy-5- Aminoimidazole Ribonucleotide Catalyzed by Escherichia ...タイトル: Evidence for the Direct Transfer of the Carboxylate of N5-Carboxyaminoimidazole Ribonucleotide (N5-Cair) to Generate 4-Carboxy-5- Aminoimidazole Ribonucleotide Catalyzed by Escherichia Coli Pure, an N5-Cair Mutase 著者: Meyer, E. / Kappock, T.J. / Osuji, C. / Stubbe, J. #2: ![]() タイトル: Reactions Catalyzed by 5-Aminoimidazole Ribonucleotide Carboxylases from Escherichia Coli and Gallus Gallus: A Case for Divergent Catalytic Mechanisms 著者: Firestine, S.M. / Poon, S.W. / Mueller, E.J. / Stubbe, J. / Davisson, V.J. #3: ![]() タイトル: N5-Carboxyaminoimidazole Ribonucleotide: Evidence for a New Intermediate and Two New Enzymatic Activities in the De Novo Purine Biosynthetic Pathway of Escherichia Coli 著者: Mueller, E.J. / Meyer, E. / Rudolph, J. / Davisson, V.J. / Stubbe, J. #4: ![]() タイトル: Nucleotide Sequence Analysis of the Purek Operon Encoding 5'-Phosphoribosyl-5-Aminoimidazole Carboxylase of Escherichia Coli K-12 著者: Tiedeman, A.A. / Keyhani, J. / Kamholz, J. / Daum III, H.A. / Gots, J.S. / Smith, J.M. #5: ![]() タイトル: Identification and Sequence Analysis of Escherichia Coli Pure and Purk Genes Encoding 5'-Phosphoribosyl-5-Amino-4-Imidazole Carboxylase for De Novo Purine Biosynthesis 著者: Watanabe, W. / Sampei, G. / Aiba, A. / Mizobuchi, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 237.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 202.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17113.875 Da / 分子数: 8 / 断片: CATALYTIC SUBUNIT / 変異: M14(MSE), M23(MSE), M79(MSE), M110(MSE) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P09028, UniProt: P0AG18*PLUS, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase #2: 化合物 | ChemComp-AIR / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG4000, Ammonium Acetate, TRIS.HCl, 4-CARBOXY AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE (CAIR), pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. all: 37498 / Num. obs: 37498 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Num. unique all: 5182 / % possible all: 83.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 99859 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→25 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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