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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cr5 | ||||||
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タイトル | N-TERMINAL DOMAIN OF SEC18P | ||||||
![]() | SEC18P (RESIDUES 22 - 210) | ||||||
![]() | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / DOUBLE-PSI BETA BARREL / VESICLE FUSION / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Golgi vesicle docking / Intra-Golgi traffic / SNARE complex disassembly / vesicle fusion with Golgi apparatus / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / vacuole fusion, non-autophagic / COPII-mediated vesicle transport ...inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Golgi vesicle docking / Intra-Golgi traffic / SNARE complex disassembly / vesicle fusion with Golgi apparatus / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / vacuole fusion, non-autophagic / COPII-mediated vesicle transport / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane protein transport / phosphatidic acid binding / Golgi stack / mating projection tip / autophagosome assembly / SNARE binding / macroautophagy / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Babor, S.M. / Fass, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Sec18p N-terminal domain. 著者: Babor, S.M. / Fass, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21323.959 Da / 分子数: 3 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pAED4 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NEN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 8000, sodium phosphate, dimethyl sulfoxide, ATP, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 22632 / Num. obs: 22366 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Num. unique all: 2200 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 176811 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |