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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ceg | ||||||
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タイトル | CEPHALOTHIN COMPLEXED WITH DD-PEPTIDASE | ||||||
要素 | D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE TRANSPEPTIDASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE-TRANSPEPTIDASE / D-AMINO ACID PEPTIDASE / PENICILLIN TARGET | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Knox, J.R. / Kuzin, A.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Binding of cephalothin and cefotaxime to D-ala-D-ala-peptidase reveals a functional basis of a natural mutation in a low-affinity penicillin-binding protein and in extended-spectrum beta-lactamases. 著者: Kuzin, A.P. / Liu, H. / Kelly, J.A. / Knox, J.R. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: The Refined Crystallographic Structure of a Dd-Peptidase Penicillin-Target Enzyme at 1.6 A Resolution 著者: Kelly, J.A. / Kuzin, A.P. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystallographic Mapping of Beta-Lactams Bound to a D-Alanyl-D-Alanine Peptidase Target Enzyme 著者: Kelly, J.A. / Knox, J.R. / Zhao, H. / Frere, J.M. / Ghaysen, J.M. #3: ジャーナル: Science / 年: 1986 タイトル: On the Origin of Bacterial Resistance to Penicillin: Comparison of a Beta-Lactamase and a Penicillin Target 著者: Kelly, J.A. / Dideberg, O. / Charlier, P. / Wery, J.P. / Libert, M. / Moews, P.C. / Knox, J.R. / Duez, C. / Fraipont, C. / Joris, B. / al., et #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985 タイトル: 2.8-A Structure of Penicillin-Sensitive D-Alanyl Carboxypeptidase-Transpeptidase from Streptomyces R61 and Complexes with Beta-Lactams 著者: Kelly, J.A. / Knox, J.R. / Moews, P.C. / Hite, G.J. / Bartolone, J.B. / Zhao, H. / Joris, B. / Frere, J.M. / Ghuysen, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ceg.cif.gz | 83.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ceg.ent.gz | 61.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ceg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ceg_validation.pdf.gz | 444.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ceg_full_validation.pdf.gz | 446.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ceg_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ceg_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/1ceg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/1ceg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37422.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: R61 参照: UniProt: P15555, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CEP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1989年3月4日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 28901 / % possible obs: 72 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.051 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.76 Å / Num. measured all: 49740 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 3 詳細: SEE STRUCTURE OF NATIVE FOR MULTIPLE CONFORMATIONS (J.A.KELLY AND A.P.KUZIN JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 1995, SUBMITTED).
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原子変位パラメータ | Biso mean: 9.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.9 |