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- PDB-1cdk: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT (E.C.2.7.1.37) (P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cdk
タイトルCAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT (E.C.2.7.1.37) (PROTEIN KINASE A) COMPLEXED WITH PROTEIN KINASE INHIBITOR PEPTIDE FRAGMENT 5-24 (PKI(5-24) ISOELECTRIC VARIANT CA) AND MN2+ ADENYLYL IMIDODIPHOSPHATE (MNAMP-PNP) AT PH 5.6 AND 7C AND 4C
要素
  • CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
  • PROTEIN KINASE INHIBITOR
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / COMPLEX (TRANSFERASE-INHIBITOR) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling ...negative regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / germinal vesicle / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / molecular function inhibitor activity / negative regulation of protein import into nucleus / cellular response to cold / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / Mitochondrial protein degradation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / plasma membrane raft / axoneme / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / peptidyl-serine phosphorylation / manganese ion binding / cellular response to heat / molecular adaptor activity / postsynapse / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein phosphorylation / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / MYRISTIC ACID / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bossemeyer, D. / Engh, R.A. / Kinzel, V. / Ponstingl, H. / Huber, R.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1993
タイトル: Phosphotransferase and substrate binding mechanism of the cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit from porcine heart as deduced from the 2.0 A structure of the complex with Mn2+ ...タイトル: Phosphotransferase and substrate binding mechanism of the cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit from porcine heart as deduced from the 2.0 A structure of the complex with Mn2+ adenylyl imidodiphosphate and inhibitor peptide PKI(5-24).
著者: Bossemeyer, D. / Engh, R.A. / Kinzel, V. / Ponstingl, H. / Huber, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: 2.2 Angstrom Refined Crystal Structure of the Catalytic Subunit of cAMP-Dependent Protein Kinase Complexed with Mnatp and a Peptide Inhibitor
著者: Zheng, J. / Trafny, E.A. / Knighton, D.R. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Ten Eyck, L.F. / Sowadski, J.M.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structures of the Myristylated Catalytic Subunit Ofcamp-Dependent Kinase Reveal Open and Closed Conformation
著者: Zheng, J. / Knighton, D.R. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M. / Ten Eyck, L.F.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Subunit of Cyclic Adenosine Monophosphate Dependent-Protein Kinase
著者: Knighton, D.R. / Zheng, J.H. / Ten Eyck, L.F. / Ashford, V.A. / Xuong, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Structure of a Peptide Inhibitor Bound to the Catalytic Subunit of a Cyclic Adenosine Monophosphate-Dependent Protein Kinase
著者: Knighton, D.R. / Zheng, J. / Ten Eyck, L.F. / Xoung, N.-H. / Taylor, S.S. / Sowadski, J.M.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Regulation by Phosphorylation of Reversible Association of a Myristoylated Protein Kinase C Substrate with the Plasma Membrane
著者: Thelen, M. / Rosen, A. / Nairn, A.C. / Aderem, A.
#6: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1989
タイトル: A Sequence Variant in the N-Terminal Region of the Catalytic Subunit of the cAMP-Dependent Protein Kinase
著者: Hotz, A. / Konig, N. / Kretschmer, J. / Maier, G. / Ponstingl, H. / Kinzel, V.
#7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Characterization of Genomic Clones Coding for the C-Alpha and C-Beta Subunits of Mouse Camp Dependent Protein Kinase
著者: Chrivia, J.C. / Uhler, M.D. / Mcknight, G.S.
履歴
登録1994年7月4日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月18日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
I: PROTEIN KINASE INHIBITOR
B: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
J: PROTEIN KINASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,39312
ポリマ－85,7044
非ポリマー1,6898
水5,621312
1
A: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
I: PROTEIN KINASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6966
ポリマ－42,8522
非ポリマー8444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
2
B: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
J: PROTEIN KINASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6966
ポリマ－42,8522
非ポリマー8444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.610, 80.600, 110.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 88.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9997, 0.0125, 0.0222), (-0.0121, 0.9998, -0.0168), (-0.0222, 0.0165, 0.9996)
ベクター: 53.2182, 28.0206, 0.6126)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 B 8 .. B 317 A 8 .. A 317 0.265 M1 B 322 .. B 350 A 322 .. A 350 0.347

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABIJ

#1: タンパク質 CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE / PROTEIN KINASE A


分子量: 40625.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: HEART / 組織: HEART ISOFORM CA
参照: UniProt: P00517, UniProt: P36887*PLUS, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN KINASE INHIBITOR / PKI(5-24)


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61925, UniProt: P61926*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 320分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化温度: 280 K / pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6, temperature 280K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 58447
反射
*PLUS
% possible obs: 83.5 % / Num. measured all: 103697 / Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→5 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.197 -
obs0.197 49638
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5971 0 78 312 6361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.96
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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