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- PDB-1c7r: THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE/AUTOCRINE MOTIL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c7r
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE/AUTOCRINE MOTILITY FACTOR/NEUROLEUKIN COMPLEXED WITH ITS CARBOHYDRATE PHOSPHATE INHIBITORS AND ITS SUBSTRATE RECOGNITION MECHANISM
要素PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE/AUTOCRINE MOTILITY FACTOR/ NEUROLEUKIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. / Glucose-6-phosphate isomerase family profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 ...Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. / Glucose-6-phosphate isomerase family profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-PHOSPHOARABINONIC ACID / Glucose-6-phosphate isomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chou, C.-C. / Meng, M. / Sun, Y.-J. / Hsiao, C.-D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of phosphoglucose isomerase/autocrine motility factor/neuroleukin complexed with its carbohydrate phosphate inhibitors suggests its substrate/receptor recognition.
著者: Chou, C.C. / Sun, Y.J. / Meng, M. / Hsiao, C.D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: The Crystal Structure of a Multifunctional Protein: Phosphoglucose Isomerase/Autocrine Motility Factor/ Neuroleukin
著者: Sun, Y.-J. / Chou, C.-C. / Chen, W.-S. / Wu, R.-T. / Meng, M. / Hsiao, C.-D.
履歴
登録2000年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4492
ポリマ－50,2031
非ポリマー2461
水1,69394
1
A: PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,8984
ポリマ－100,4062
非ポリマー4922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area10970 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area28910 Å2
手法PISA
2
A: PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,7958
ポリマ－200,8114
非ポリマー9844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.800, 94.710, 171.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHOGLUCOSE ISOMERASE


分子量: 50202.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PFDI22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DF2145 / 参照: UniProt: P13376, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 糖 ChemComp-PA5 / 5-PHOSPHOARABINONIC ACID / D-アラビノン酸5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 246.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.61 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES PH 7.5, 0.8M K, NA TARTRATE
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
20.05 mM5PA1drop
350 mMphosphate1drop
40.4 Mammonium dihydrogen phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.97 Å / Num. obs: 21464 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.08 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 4.03 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 87547
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.615

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PGI

2pgi


解像度: 2.5→38.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1825 9.9 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 18434 95.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 15 94 3537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.52
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 204 8.5 %
Rwork0.271 2207 -
obs--89.6 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 32.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.52
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Rfactor Rfree: 0.297 / % reflection Rfree: 8.5 % / Rfactor Rwork: 0.271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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