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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bqm | ||||||
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タイトル | HIV-1 RT/HBY 097 | ||||||
![]() | (REVERSE TRANSCRIPTASE) x 2 | ||||||
![]() | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / AIDS / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / HIV-1 RT/HBY 097 / DRUG-RESISTANT MUTANT | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hsiou, Y. / Das, K. / Ding, J. / Arnold, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Tyr188Leu mutant and wild-type HIV-1 reverse transcriptase complexed with the non-nucleoside inhibitor HBY 097: inhibitor flexibility is a useful design feature for reducing drug resistance. 著者: Hsiou, Y. / Das, K. / Ding, J. / Clark Jr., A.D. / Kleim, J.P. / Rosner, M. / Winkler, I. / Riess, G. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of 8-Cl and 9-Cl TIBO Complexed with Wild-Type HIV-1 RT and 8-Cl TIBO Complexed with the Tyr181Cys HIV-1 RT Drug-Resistant Mutant 著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Junior, A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Junior, R.H. / Kroeger Smith, M. ...著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Junior, A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Junior, R.H. / Kroeger Smith, M.B. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #2: ![]() タイトル: Targeting HIV Reverse Transcriptase for Anti-Aids Drug Design: Structural and Biological Considerations for Chemotherapeutic Strategies 著者: Arnold, E. / Das, K. / Ding, J. / Yadav, P.N. / Hsiou, Y. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. #3: ![]() タイトル: Structure of Unliganded HIV-1 Reverse Transcriptase at 2.7 A Resolution: Implications of Conformational Changes for Polymerization and Inhibition Mechanisms 著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark Junior, A.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #4: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Non-Nucleoside Inhibitor Alpha-Apa R 95845 at 2.8 A Resolution 著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P. ...著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P.A.J. / Smith Junior, R.H. / Kroeger Koepke, M. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #5: ![]() タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors 著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. #6: ![]() タイトル: Locations of Anti-Aids Drug Binding Sites and Resistance Mutations in the Three-Dimensional Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase. Implications for Mechanisms of Drug Inhibition and Resistance 著者: Tantillo, C. / Ding, J. / Jacobo-Molina, A. / Nanni, R.G. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Pauwels, R. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Arnold, E. #7: ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase Complexed with Double-Stranded DNA at 3.0 A Resolution Shows Bent DNA 著者: Jacobo-Molina, A. / Ding, J. / Nanni, R.G. / Clark Junior, A.D. / Lu, X. / Tantillo, C. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Ferris, A.L. / Clark, P. / Hizi, A. / Hughes, S.H. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63988.273 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: BH10 / 細胞株: 293 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50281.762 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus / 株: BH10 / 細胞株: 293 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-HBY / ( |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1995年3月1日 / 詳細: WIGGLERS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→25 Å / Num. obs: 30368 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 98.1 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.89 / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.111 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.89 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1TVR 解像度: 3.1→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 10 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.24 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: x4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.349 |