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万見
- PDB-1bqm: HIV-1 RT/HBY 097 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bqm
タイトルHIV-1 RT/HBY 097
要素(REVERSE TRANSCRIPTASE) x 2
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / AIDS / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / HIV-1 RT/HBY 097 / DRUG-RESISTANT MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / host multivesicular body / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HBY / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hsiou, Y. / Das, K. / Ding, J. / Arnold, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structures of Tyr188Leu mutant and wild-type HIV-1 reverse transcriptase complexed with the non-nucleoside inhibitor HBY 097: inhibitor flexibility is a useful design feature for reducing drug resistance.
著者: Hsiou, Y. / Das, K. / Ding, J. / Clark Jr., A.D. / Kleim, J.P. / Rosner, M. / Winkler, I. / Riess, G. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structures of 8-Cl and 9-Cl TIBO Complexed with Wild-Type HIV-1 RT and 8-Cl TIBO Complexed with the Tyr181Cys HIV-1 RT Drug-Resistant Mutant
著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Junior, A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Junior, R.H. / Kroeger Smith, M. ...著者: Das, K. / Ding, J. / Hsiou, Y. / Clark Junior, A.D. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Pauwels, R. / Janssen, P.A. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Smith Junior, R.H. / Kroeger Smith, M.B. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#2: ジャーナル: Drug Des.Discovery / 年: 1996
タイトル: Targeting HIV Reverse Transcriptase for Anti-Aids Drug Design: Structural and Biological Considerations for Chemotherapeutic Strategies
著者: Arnold, E. / Das, K. / Ding, J. / Yadav, P.N. / Hsiou, Y. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Structure of Unliganded HIV-1 Reverse Transcriptase at 2.7 A Resolution: Implications of Conformational Changes for Polymerization and Inhibition Mechanisms
著者: Hsiou, Y. / Ding, J. / Das, K. / Clark Junior, A.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#4: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in a Complex with the Non-Nucleoside Inhibitor Alpha-Apa R 95845 at 2.8 A Resolution
著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P. ...著者: Ding, J. / Das, K. / Tantillo, C. / Zhang, W. / Clark Junior, A.D. / Jessen, S. / Lu, X. / Hsiou, Y. / Jacobo-Molina, A. / Andries, K. / Pauwels, R. / Moereels, H. / Koymans, L. / Janssen, P.A.J. / Smith Junior, R.H. / Kroeger Koepke, M. / Michejda, C.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#5: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of HIV-1 RT/TIBO R 86183 Complex Reveals Similarity in the Binding of Diverse Nonnucleoside Inhibitors
著者: Ding, J. / Das, K. / Moereels, H. / Koymans, L. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Locations of Anti-Aids Drug Binding Sites and Resistance Mutations in the Three-Dimensional Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase. Implications for Mechanisms of Drug Inhibition and Resistance
著者: Tantillo, C. / Ding, J. / Jacobo-Molina, A. / Nanni, R.G. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Pauwels, R. / Andries, K. / Janssen, P.A. / Arnold, E.
#7: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase Complexed with Double-Stranded DNA at 3.0 A Resolution Shows Bent DNA
著者: Jacobo-Molina, A. / Ding, J. / Nanni, R.G. / Clark Junior, A.D. / Lu, X. / Tantillo, C. / Williams, R.L. / Kamer, G. / Ferris, A.L. / Clark, P. / Hizi, A. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
履歴
登録1998年8月17日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REVERSE TRANSCRIPTASE
B: REVERSE TRANSCRIPTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6103
ポリマ－114,2702
非ポリマー3401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area47470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.200, 69.400, 104.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 REVERSE TRANSCRIPTASE / HIV-1 RT


分子量: 63988.273 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: BH10 / 細胞株: 293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 REVERSE TRANSCRIPTASE / HIV-1 RT


分子量: 50281.762 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: BH10 / 細胞株: 293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物 ChemComp-HBY / (S)-4-ISOPROPOXYCARBONYL-6-METHOXY-3-METHYLTHIOMETHYL-3,4-DIHYDROQUINOXALIN-2(1H)-THIONE / HBY 097


分子量: 340.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20N2O3S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMinhibitor1drop
320 %(w/v)n-octyl beta-D-glucopyranoside1drop
440 mg/mlenzyme1drop
575 mM1dropNaCl
650 mMbis-Tris propane1reservoir
7100 mMammonium sulfate1reservoir
810 %(v/v)glycerol1reservoir
910 %(w/v)PEG80001reservoir
2DMSO1drop
1010 mMTris-HCl1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1995年3月1日 / 詳細: WIGGLERS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→25 Å / Num. obs: 30368 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 98.1 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.89 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.111
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.85モデル構築
X-PLOR3.85精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR3.85位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TVR

1tvr


解像度: 3.1→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 10 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.362 1802 6 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.258 22627 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.71 Å0.51 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7804 0 22 0 7826
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.59
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.571.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.822
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.682.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.24 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 100 4.7 %
Rwork0.349 1736 -
obs--85.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
X-RAY DIFFRACTION3PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: x4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.59
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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