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万見
- PDB-1boz: STRUCTURE-BASED DESIGN AND SYNTHESIS OF LIPOPHILIC 2,4-DIAMINO-6-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1boz
タイトルSTRUCTURE-BASED DESIGN AND SYNTHESIS OF LIPOPHILIC 2,4-DIAMINO-6-SUBSTITUTED QUINAZOLINES AND THEIR EVALUATION AS INHIBITORS OF DIHYDROFOLATE REDUCTASE AND POTENTIAL ANTITUMOR AGENTS
要素PROTEIN (DIHYDROFOLATE REDUCTASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / NADPH binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / one-carbon metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / NADP binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / mRNA binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Chem-PRD / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gangjee, A. / Vidwans, A.P. / Vasudevan, A. / Queener, S.F. / Kisliuk, R.L. / Cody, V. / Li, R. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1998
タイトル: Structure-based design and synthesis of lipophilic 2,4-diamino-6-substituted quinazolines and their evaluation as inhibitors of dihydrofolate reductases and potential antitumor agents.
著者: Gangjee, A. / Vidwans, A.P. / Vasudevan, A. / Queener, S.F. / Kisliuk, R.L. / Cody, V. / Li, R. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Comparison of Ternary Complexes of Pneumocystis carinii and Wild-Type Human Dihydrofolate Reductase With a Novel Classical Antitumor Furo[2,3-d]pyrimidine Antifolate
著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Gangjee, A. / Devraj, R. / Queener, S.F. / Blakley, R.L.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Comparison of Two Independent Crystal Structures of Human Dihydrofolate Reductase Ternary Complexes Reduced with Nicotinamide Adenine Dinucleotide Phosphate and the Very Tight-Binding Inhibitor Pt523
著者: Cody, V. / Galitsky, N. / Luft, J.R. / Pangborn, W. / Rosowsky, A. / Blakley, R.L.
履歴
登録1998年8月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (DIHYDROFOLATE REDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3453
ポリマ－21,2591
非ポリマー1,0862
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.259, 86.259, 77.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (DIHYDROFOLATE REDUCTASE)


分子量: 21259.402 Da / 分子数: 1 / 変異: F31G / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-PRD / N6-(2,5-DIMETHOXY-BENZYL)-N6-METHYL-PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDINE-2,4,6-TRIAMINE


分子量: 340.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
162 %ammonium sulfate1drop
20.1 Mphosphate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→53 Å / Num. obs: 9706 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / % possible all: 78
反射
*PLUS
% possible obs: 86.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0496
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.1 Å / % possible obs: 63.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.202 --
obs-8970 95 %
原子変位パラメータBiso mean: 19.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1495 0 73 125 1693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0510.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1910.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1970.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2620.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2590.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.43
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor22.515
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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