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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b9v | ||||||
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タイトル | NOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE SELECTIVE INTERACTIONS WITH CONSERVED RESIDUES AND WATER MOLECULES IN TEH ACTIVE SITE | ||||||
![]() | PROTEIN (NEURAMINIDASE) | ||||||
![]() | HYDROLASE / INFLUENZA / NEURAMINIDASE / SIALIDASE / B/LEE/40 | ||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Finley, J.B. / Atigadda, V.R. / Duarte, F. / Zahao, J.J. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel aromatic inhibitors of influenza virus neuraminidase make selective interactions with conserved residues and water molecules in the active site. 著者: Finley, J.B. / Atigadda, V.R. / Duarte, F. / Zhao, J.J. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 822.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 836.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43460.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 属: Influenzavirus B / 生物種: Influenza B virus / 株: B/Lee/40 / 参照: UniProt: P03474, exo-alpha-sialidase | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-RA2 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sudbeck, E.A., (1997) J. Mol. Biol., 267, 584. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.364→20 Å / Num. obs: 13395 / % possible obs: 80.15 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.32 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 9.98 |
反射 シェル | 解像度: 2.236→2.448 Å / 冗長度: 2.32 % / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 80.15 |
反射 | *PLUS Num. obs: 19008 / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0023 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1IVB 解像度: 2.35→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.577 / Rfactor obs: 0.364 |