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万見
- PDB-1b9v: NOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b9v
タイトルNOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE SELECTIVE INTERACTIONS WITH CONSERVED RESIDUES AND WATER MOLECULES IN TEH ACTIVE SITE
要素PROTEIN (NEURAMINIDASE)
キーワードHYDROLASE / INFLUENZA / NEURAMINIDASE / SIALIDASE / B/LEE/40
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / 6 Propeller / Neuraminidase / Sialidase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RA2 / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Finley, J.B. / Atigadda, V.R. / Duarte, F. / Zahao, J.J. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Novel aromatic inhibitors of influenza virus neuraminidase make selective interactions with conserved residues and water molecules in the active site.
著者: Finley, J.B. / Atigadda, V.R. / Duarte, F. / Zhao, J.J. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M.
履歴
登録1999年2月15日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NEURAMINIDASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1125
ポリマ－43,4601
非ポリマー6524
水1,928107
1
A: PROTEIN (NEURAMINIDASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (NEURAMINIDASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (NEURAMINIDASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (NEURAMINIDASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,44820
ポリマ－173,8414
非ポリマー2,60716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area20220 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area45450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.702, 124.702, 71.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NEURAMINIDASE) / SIALIDASE


分子量: 43460.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza B virus (B/Lee/40) (B型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus B / 生物種: Influenza B virus / 株: B/Lee/40 / 参照: UniProt: P03474, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-RA2 / 1-[4-CARBOXY-2-(3-PENTYLAMINO)PHENYL]-5,5'-DI(HYDROXYMETHYL)PYRROLIDIN-2-ONE


分子量: 350.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H26N2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sudbeck, E.A., (1997) J. Mol. Biol., 267, 584.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
215 %(w/v)PEG33501reservoir
30.15 M1reservoirNaCl
42 M1reservoirNaNO3
55 mM1reservoirCaCl2
60.1 %(w/v)sodium azide1reservoirpH6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年8月1日
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.364→20 Å / Num. obs: 13395 / % possible obs: 80.15 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.32 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 9.98
反射 シェル解像度: 2.236→2.448 Å / 冗長度: 2.32 % / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 80.15
反射
*PLUS
Num. obs: 19008 / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0023

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTデータスケーリング
SAINTデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.85精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IVB

1ivb


解像度: 2.35→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 --RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-19008 70.15 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3040 0 41 107 3188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.389
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.85 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.577 / Rfactor obs: 0.364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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