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- PDB-1b9i: CRYSTAL STRUCTURE OF 3-AMINO-5-HYDROXYBENZOIC ACID (AHBA) SYNTHASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b9i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF 3-AMINO-5-HYDROXYBENZOIC ACID (AHBA) SYNTHASE
要素PROTEIN (3-AMINO-5-HYDROXYBENZOIC ACID SYNTHASE)
キーワードRIFAMYCIN BIOSYNTHESIS (RIFD GENE)
機能・相同性
機能・相同性情報


3-amino-5-hydroxybenzoate synthase / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase activity / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / polysaccharide biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能
DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase / DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]--AMINO-BENZOIC ACID / 3-amino-5-hydroxybenzoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Eads, J.C. / Beeby, M. / Scapin, G. / Yu, T.-W. / Floss, H.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of 3-amino-5-hydroxybenzoic acid (AHBA) synthase.
著者: Eads, J.C. / Beeby, M. / Scapin, G. / Yu, T.W. / Floss, H.G.
履歴
登録1999年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.42022年12月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength ...database_2 / diffrn_radiation_wavelength / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (3-AMINO-5-HYDROXYBENZOIC ACID SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6172
ポリマ－42,2491
非ポリマー3681
水3,387188
1
A: PROTEIN (3-AMINO-5-HYDROXYBENZOIC ACID SYNTHASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (3-AMINO-5-HYDROXYBENZOIC ACID SYNTHASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2344
ポリマ－84,4972
非ポリマー7372
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.630, 89.630, 126.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (3-AMINO-5-HYDROXYBENZOIC ACID SYNTHASE) / AHBA SYNTHASE


分子量: 42248.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)
プラスミド: PRSETB(EAHBA6) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52552
#2: 化合物 ChemComp-PXG / 3-[O-PHOSPHONOPYRIDOXYL]--AMINO-BENZOIC ACID / 3-[[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチル]アミノ]安息香酸


分子量: 368.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N2O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: IN-HOUSE (CUKA) DATA MERGED WITH SRS DATA
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
111 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1drop
30.05 %1dropNaN3
40.5 mMPLP1drop
5100 mMHEPES1reservoir
61.7 Mammonium sulfate1reservoir
73-8 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 / 波長: 1.4888 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.4881
21.48881
反射解像度: 2→42.3 Å / Num. obs: 38950 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 89
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89 %

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: XPLOR USED IN EARLIER STAGES OF REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1936 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.225 38865 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2935 0 25 188 3148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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