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- PDB-1b2l: ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM DROSOPHILA LEBANONENSIS: TERNARY COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b2l
タイトルALCOHOL DEHYDROGENASE FROM DROSOPHILA LEBANONENSIS: TERNARY COMPLEX WITH NAD-CYCLOHEXANONE
要素ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DETOXIFICATION / METABOLISM / ALCOHOL DEHYDROGENASE / DROSOPHILA LEBANONENSIS / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES / TERNARY COMPLEX / NAD- CYCLOHEXANONE ADDUCT
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, Drosophila-type / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXANONE / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE CYCLOHEXANONE / Alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Scaptodrosophila lebanonensis (ハエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Benach, J. / Atrian, S. / Gonzalez-Duarte, R. / Ladenstein, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The catalytic reaction and inhibition mechanism of Drosophila alcohol dehydrogenase: observation of an enzyme-bound NAD-ketone adduct at 1.4 A resolution by X-ray crystallography.
著者: Benach, J. / Atrian, S. / Gonzalez-Duarte, R. / Ladenstein, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The Refined Crystal Structure of Drosophila Lebanonensis Alcohol Dehydrogenase at 1.9 A Resolution
著者: Benach, J. / Atrian, S. / Gonzalez-Duarte, R. / Ladenstein, R.
履歴
登録1998年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8765
ポリマ－27,8241
非ポリマー1,0524
水4,179232
1
A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,75210
ポリマ－55,6482
非ポリマー2,1048
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area8700 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area18180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.100, 54.100, 168.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

CA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ALCOHOL DEHYDROGENASE


分子量: 27823.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CYCLOHEXANONE / 由来: (天然) Scaptodrosophila lebanonensis (ハエ) / 参照: UniProt: P10807, alcohol dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 236分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NDC / NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE CYCLOHEXANONE


分子量: 759.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N7O15P2
#4: 化合物 ChemComp-CYH / CYCLOHEXANONE / シクロヘキサノン


分子量: 98.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O
#5: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 2000, 0.2 M CACL2, 0.1 M TRIS-HCL, PH= 8.0, 1MM NAD+, 1% CYCLOHEXANONE, 277 K.
結晶化
*PLUS
pH: 8.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ladenstein, R., (1995) Acta Crystallog., D51, 69.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
31 %isopropanol1drop
42 mMdithiothreitol1drop
528 %PEG20001reservoir
60.2 M1reservoirCaCl2
70.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.996
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→20 Å / Num. obs: 40649 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.57→1.63 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 91
反射
*PLUS
Num. measured all: 565296
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
AMoRE位相決定
CCP4モデル構築
Oモデル構築
MAINモデル構築
RAVEモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
CCP4位相決定
MAIN位相決定
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A4U

1a4u


解像度: 1.6→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 -5 %
Rwork0.19 --
obs-38275 -
原子変位パラメータBiso mean: 11.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1963 0 67 232 2262
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 11.3 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_deg1.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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