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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1arg | ||||||
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タイトル | Aspartate aminotransferase, phospho-5'-pyridoxyl aspartate complex | ||||||
要素 | ASPARTATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (AMINOTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-phenylalanine biosynthetic process / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / aspartate catabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Malashkevich, V.N. / Jansonius, J.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995 タイトル: Changing the reaction specificity of a pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme. 著者: Graber, R. / Kasper, P. / Malashkevich, V.N. / Sandmeier, E. / Berger, P. / Gehring, H. / Jansonius, J.N. / Christen, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1arg.cif.gz | 174.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1arg.ent.gz | 137.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1arg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1arg_validation.pdf.gz | 506.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1arg_full_validation.pdf.gz | 545.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1arg_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1arg_validation.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/1arg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/1arg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 138 / 2: CIS PROLINE - PRO A 195 / 3: CIS PROLINE - PRO B 138 / 4: CIS PROLINE - PRO B 195 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.00069, -0.00206), ベクター: 詳細 | MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 5 .. A 409 B 5 .. B 409 0.196 | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43619.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: TY103 / プラスミド: PKDHE19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 % |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 57.9 % |
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年2月21日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 44764 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / Isotropic thermal model: B-CORRELATION METHOD / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS AND KRETSINGER, JMB (1975) 91,201-22 / Bsol: 253.9 Å2 / ksol: 0.725 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 26.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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