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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aim | ||||||
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タイトル | CRUZAIN INHIBITED BY BENZOYL-TYROSINE-ALANINE-FLUOROMETHYLKETONE | ||||||
要素 | CRUZAIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / CYSTEINE PROTEASE / TRYPANOSOMA CRUZI / FLUOROMETHYL KETONE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cruzipain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Fletterick, R. / Gillmor, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Structural determinants of specificity in the cysteine protease cruzain. 著者: Gillmor, S.A. / Craik, C.S. / Fletterick, R.J. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995 タイトル: The Crystal Structure of Cruzain: A Therapeutic Target for Chagas' Disease 著者: Mcgrath, M.E. / Eakin, A.E. / Engel, J.C. / Mckerrow, J.H. / Craik, C.S. / Fletterick, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aim.cif.gz | 63.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aim.ent.gz | 46.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aim.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1aim_validation.pdf.gz | 450.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1aim_full_validation.pdf.gz | 455 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1aim_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1aim_validation.cif.gz | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/1aim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/1aim | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22658.082 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 変異: 213 STOP / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: RTP / プラスミド: CHEY / 遺伝子 (発現宿主): RTP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA 参照: UniProt: P25779, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZYA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.2 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 手法: vapor diffusion - hanging drop - seeding / pH: 5.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.8M NA CITRATE, PH 5.5. THE HANGING DROPS WERE MICRO-SEEDED., vapor diffusion - hanging drop - seeding | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7 / PH range high: 5 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 11200 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.179 / % possible all: 89.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CRUZAIN 解像度: 2→8 Å / Data cutoff high absF: 100000000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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