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万見
- PDB-1aer: DOMAIN III OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA EXOTOXIN COMPLEXED WITH BETA-TAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aer
タイトルDOMAIN III OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA EXOTOXIN COMPLEXED WITH BETA-TAD
要素EXOTOXIN A
キーワードADP-RIBOSYLATION / TOXIN / TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / toxin activity
類似検索 - 分子機能
Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-TAD / 2-(1,5-DIDEOXYRIBOSE)-4-AMIDO-THIAZOLE / Exotoxin A
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, M. / Dyda, F. / Benhar, I. / Pastan, I. / Davies, D.R.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of Pseudomonas exotoxin A complexed with a nicotinamide adenine dinucleotide analog: implications for the activation process and for ADP ribosylation
著者: Li, M. / Dyda, F. / Benhar, I. / Pastan, I. / Davies, D.R.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: The Crystal Structure of Pseudomonas Aeruginosa Exotoxin Domain III with Nicotinamide and AMP: Conformational Differences with the Intact Exotoxin
著者: Li, M. / Dyda, F. / Benhar, I. / Pastan, I. / Davies, D.R.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1986
タイトル: Structure of Exotoxin a of Pseudomonas Aeruginosa at 3.0-Angstrom Resolution
著者: Allured, V.S. / Collier, R.J. / Carroll, S.F. / Mckay, D.B.
履歴
登録1995年12月11日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXOTOXIN A
B: EXOTOXIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0965
ポリマ－45,8372
非ポリマー1,2593
水1,946108
1
A: EXOTOXIN A
B: EXOTOXIN A
ヘテロ分子

A: EXOTOXIN A
B: EXOTOXIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,19210
ポリマ－91,6744
非ポリマー2,5186
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.640, 87.640, 133.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 EXOTOXIN A


分子量: 22918.580 Da / 分子数: 2 / 断片: DOMAIN III OF PSEUDOMONAS TOXIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: PPED5-399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P11439, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-TAD / BETA-METHYLENE-THIAZOLE-4-CARBOXYAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE / β-メチレンTAD


分子量: 667.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N7O13P2S
#3: 化合物 ChemComp-TIA / 2-(1,5-DIDEOXYRIBOSE)-4-AMIDO-THIAZOLE


分子量: 244.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H12N2O4S
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IN THIS ENTRY IS FROM 400 TO 613 FROM THAT OF THE COMPLETE TOXIN IN GENE BANK. THERE ...THE SEQUENCE IN THIS ENTRY IS FROM 400 TO 613 FROM THAT OF THE COMPLETE TOXIN IN GENE BANK. THERE ARE TWO MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT: MONOMER 1 FROM A 400 TO A 609 WITH BETA-TAD NUMBERED 700. RESIDUES A 458 - A 463 AND A 610 - A 613 ARE NOT DEFINED. MONOMER 2 IS FROM B 400 TO B 600 WITH THIAZOLE RIBOSE NUMBERED B 700 AND AMP B 701. RESIDUE NAME "TIA" IS GIVEN TO THIAZOLE RIBOSE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlPEIII1drop
210 mMTris-HCl1drop
30.15-0.2 M1dropNaCl
51.5 Msodium citrate1reservoir
640 mMNAD1reservoir
4reservoir solution1drop0.002 ml

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 22417 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.057
反射
*PLUS
% possible obs: 93.4 % / 冗長度: 4.7 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 78.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 -10 %
Rwork0.196 --
obs0.196 21956 94.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3023 0 83 108 3214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.048
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.37
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.861
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.37
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.861

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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