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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ae4 | ||||||
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タイトル | ALDEHYDE REDUCTASE COMPLEXED WITH COFACTOR AND INHIBITOR, ALPHA CARBON ATOMS ONLY | ||||||
要素 | ALDEHYDE REDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ALDO-KETO REDUCTASE / TIM-BARREL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素 / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / aldehyde catabolic process / cellular detoxification of aldehyde ...glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素 / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / aldehyde catabolic process / cellular detoxification of aldehyde / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / aldose reductase (NADPH) activity / lipid metabolic process / apical plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE-FOURIER / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | El-Kabbani, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1997 タイトル: Studies on the inhibitor-binding site of porcine aldehyde reductase: crystal structure of the holoenzyme-inhibitor ternary complex. 著者: el-Kabbani, O. / Carper, D.A. / McGowan, M.H. / Devedjiev, Y. / Rees-Milton, K.J. / Flynn, T.G. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995 タイトル: Structure of Porcine Aldehyde Reductase Holoenzyme 著者: El-Kabbani, O. / Judge, K. / Ginell, S.L. / Myles, D.A. / Delucas, L.J. / Flynn, T.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ae4.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ae4.ent.gz | 12.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ae4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ae4_validation.pdf.gz | 469.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ae4_full_validation.pdf.gz | 474.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ae4_validation.xml.gz | 2.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ae4_validation.cif.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/1ae4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/1ae4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36583.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: KIDNEY / 組織: MEDULLA, CORTEX / 参照: UniProt: P50578, alcohol dehydrogenase (NADP+) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-TOL / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % 解説: THE POSITION OF BOUND INHIBITOR WAS DETERMINED FROM A DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAP. | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.9 / 詳細: BUFFERED AMMONIUM SULFATE SOLUTION, PH 8.9 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 45 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年8月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 13319 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 21.2 |
反射 | *PLUS Num. all: 14296 / Num. measured all: 91887 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE-FOURIER 開始モデル: PORCINE ALDEHYDE REDUCTASE IN COMPLEX WITH COENZYME 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 8 /
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