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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a8t | ||||||
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タイトル | METALLO-BETA-LACTAMASE IN COMPLEX WITH L-159,061 | ||||||
要素 | METALLO-BETA-LACTAMASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / BETA-LACTAMASE / METALLO-BETA-LACTAMASE / ZINC / ANTIBIOTIC RESISTANCE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacteroides fragilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Fitzgerald, P.M.D. / Toney, J.H. / Grover, N. / Vanderwall, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1998 タイトル: Antibiotic sensitization using biphenyl tetrazoles as potent inhibitors of Bacteroides fragilis metallo-beta-lactamase. 著者: Toney, J.H. / Fitzgerald, P.M. / Grover-Sharma, N. / Olson, S.H. / May, W.J. / Sundelof, J.G. / Vanderwall, D.E. / Cleary, K.A. / Grant, S.K. / Wu, J.K. / Kozarich, J.W. / Pompliano, D.L. / Hammond, G.G. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Unanticipated Inhibition of the Metallo-Beta-Lactamase from Bacteroides Fragilis by 4-Morpholineethanesulfonic Acid (Mes): A Crystallographic Study at 1.85-A Resolution 著者: Fitzgerald, P.M. / Wu, J.K. / Toney, J.H. #2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1997 タイトル: High-Yield Expression, Purification, and Characterization of Active, Soluble Bacteroides Fragilis Metallo-Beta-Lactamase, Ccra 著者: Toney, J.H. / Wu, J.K. / Overbye, K.M. / Thompson, C.M. / Pompliano, D.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a8t.cif.gz | 102 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a8t.ent.gz | 77.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a8t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1a8t_validation.pdf.gz | 712.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1a8t_full_validation.pdf.gz | 768.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1a8t_validation.xml.gz | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1a8t_validation.cif.gz | 39 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/1a8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/1a8t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1a7tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25387.666 Da / 分子数: 2 / 変異: A171T, D208N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 株: TAL3636 / 遺伝子: CCRA / Variant: CLINICAL ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25910, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-061 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.6 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年2月18日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55→100 Å / Num. obs: 12599 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.93 % / Biso Wilson estimate: 19.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.71 Å / 冗長度: 1.65 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.125 / % possible all: 53.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 53.8 % / Num. unique obs: 1468 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1A7T 解像度: 2.55→10 Å / 交差検証法: EX POST FACTO / σ(F): 1 詳細: THE VALUE OF R-FREE WAS NOT MONITORED DURING THE COURSE OF REFINEMENT.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 8.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.55 Å / 最低解像度: 2.66 Å / Num. reflection obs: 952 / Rfactor obs: 0.188 |