+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a7y | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACTINOMYCIN D | |||||||||
![]() | ACTINOMYCIN D | |||||||||
![]() | ANTIBIOTIC / ACTINOMYCIN / ANTITUMOR / ANTICANCER / CHROMOPHORE / DEPSIPEPTIDE | |||||||||
機能・相同性 | Actinomycin D / ETHYL ACETATE / METHANOL / : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Schafer, M. / Sheldrick, G.M. / Bahner, I. / Lackner, H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Actinomycin D and Actinomycin Z3. 著者: Schafer, M. / Sheldrick, G.M. / Bahner, I. / Lackner, H. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 18.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 432.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | #2: 化合物 | ChemComp-EEE / #3: 化合物 | ChemComp-MOH / | 構成要素の詳細 | ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCI | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 18 % |
---|---|
結晶化 | pH: 5 / 詳細: PH 5.0 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 一般名: ethyl acetate/methanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 133 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年11月3日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.94→999 Å / Num. obs: 14126 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.38 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 0.94→1.05 Å / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Mean I/σ(I) obs: 11.9 / % possible all: 90.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 95014 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 最高解像度: 0.94 Å / Num. parameters: 2875 / Num. restraintsaints: 3689 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 StereochEM target val spec case: NO RESTRAINTS ON DISTANCES AND ANGLES 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.039
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 318 / Occupancy sum non hydrogen: 314 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 0.94 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.575 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|