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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19832 | ||||||||||||
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タイトル | Human pseudouridine synthase 3 (PUS3 D118A mutant) and two tRNA-Arg | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA modification / pseudouridylation / tRNA / homodimer / RNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA pseudouridine38/39 synthase / tRNA pseudouridine(38/39) synthase activity / mRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lin T-Y / Jezowski J / Glatt S | ||||||||||||
資金援助 | ポーランド, European Union, スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: The molecular basis of tRNA selectivity by human pseudouridine synthase 3. 著者: Ting-Yu Lin / Leon Kleemann / Jakub Jeżowski / Dominika Dobosz / Michał Rawski / Paulina Indyka / Grzegorz Ważny / Rahul Mehta / Andrzej Chramiec-Głąbik / Łukasz Koziej / Tristan Ranff ...著者: Ting-Yu Lin / Leon Kleemann / Jakub Jeżowski / Dominika Dobosz / Michał Rawski / Paulina Indyka / Grzegorz Ważny / Rahul Mehta / Andrzej Chramiec-Głąbik / Łukasz Koziej / Tristan Ranff / Christian Fufezan / Mateusz Wawro / Jakub Kochan / Joanna Bereta / Sebastian A Leidel / Sebastian Glatt / 要旨: Pseudouridine (Ψ), the isomer of uridine, is ubiquitously found in RNA, including tRNA, rRNA, and mRNA. Human pseudouridine synthase 3 (PUS3) catalyzes pseudouridylation of position 38/39 in tRNAs. ...Pseudouridine (Ψ), the isomer of uridine, is ubiquitously found in RNA, including tRNA, rRNA, and mRNA. Human pseudouridine synthase 3 (PUS3) catalyzes pseudouridylation of position 38/39 in tRNAs. However, the molecular mechanisms by which it recognizes its RNA targets and achieves site specificity remain elusive. Here, we determine single-particle cryo-EM structures of PUS3 in its apo form and bound to three tRNAs, showing how the symmetric PUS3 homodimer recognizes tRNAs and positions the target uridine next to its active site. Structure-guided and patient-derived mutations validate our structural findings in complementary biochemical assays. Furthermore, we deleted PUS1 and PUS3 in HEK293 cells and mapped transcriptome-wide Ψ sites by Pseudo-seq. Although PUS1-dependent sites were detectable in tRNA and mRNA, we found no evidence that human PUS3 modifies mRNAs. Our work provides the molecular basis for PUS3-mediated tRNA modification in humans and explains how its tRNA modification activity is linked to intellectual disabilities. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19832.map.gz | 62.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19832-v30.xml emd-19832.xml | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19832_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19832.png | 102.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19832.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_19832_half_map_1.map.gz emd_19832_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19832 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19832 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19832_validation.pdf.gz | 872.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19832_full_validation.pdf.gz | 871.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19832_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19832_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19832 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19832 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19832_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19832_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homodimer of human PUS3 and two tRNA-Arg
全体 | 名称: Homodimer of human PUS3 and two tRNA-Arg |
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要素 |
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-超分子 #1: Homodimer of human PUS3 and two tRNA-Arg
超分子 | 名称: Homodimer of human PUS3 and two tRNA-Arg / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 160 KDa |
-超分子 #2: Pseudouridine synthase 3 (PUS3)
超分子 | 名称: Pseudouridine synthase 3 (PUS3) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: tRNA-Arg
超分子 | 名称: tRNA-Arg / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: tRNA pseudouridine(38/39) synthase
分子 | 名称: tRNA pseudouridine(38/39) synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: D118A single mutation / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA pseudouridine38/39 synthase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 55.681207 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAYNDTDRNQ TEKLLKRVRE LEQEVQRLKK EQAKNKEDSN IRENSAGAGK TKRAFDFSAH GRRHVALRIA YMGWGYQGFA SQENTNNTI EEKLFEALTK TRLVESRQTS NYHRCGRTAK GVSAFGQVIS LDLRSQFPRG RDSEDFNVKE EANAAAEEIR Y THILNRVL ...文字列: MAYNDTDRNQ TEKLLKRVRE LEQEVQRLKK EQAKNKEDSN IRENSAGAGK TKRAFDFSAH GRRHVALRIA YMGWGYQGFA SQENTNNTI EEKLFEALTK TRLVESRQTS NYHRCGRTAK GVSAFGQVIS LDLRSQFPRG RDSEDFNVKE EANAAAEEIR Y THILNRVL PPDIRILAWA PVEPSFSARF SCLERTYRYF FPRADLDIVT MDYAAQKYVG THDFRNLCKM DVANGVINFQ RT ILSAQVQ LVGQSPGEGR WQEPFQLCQF EVTGQAFLYH QVRCMMAILF LIGQGMEKPE IIDELLNIEK NPQKPQYSMA VEF PLVLYD CKFENVKWIY DQEAQEFNIT HLQQLWANHA VKTHMLYSML QGLDTVPVPC GIGPKMDGMT EWGNVKPSVI KQTS AFVEG VKMRTYKPLM DRPKCQGLES RIQHFVRRGR IEHPHLFHEE ETKAKRDCND TLEEENTNLE TPTKRVCVDT EIKSI I UniProtKB: tRNA pseudouridine(38/39) synthase |
-分子 #2: tRNA-Arg
分子 | 名称: tRNA-Arg / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.472488 KDa |
配列 | 文字列: GGCUCUGUGG CGCAAUGGAU AGCGCAUUGG ACUUCUAAUU CAAAGGUUGU GGGUUCGAGU CCCACCAGAG UCGCCA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8736 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-9ene: |